Analisi trascrittomica di geni codificanti e non codificanti associati allo sviluppo della bacca e alla risposta allo stress biotico in Vitis vinifera

Starting date
January 1, 2009
Duration (months)
24
Departments
Biotechnology
Managers or local contacts
Pezzotti Mario

Il completamento del progetto di sequenziamento del genoma di vite (French-Italian Public Consortium for Grapevine Characterization, 2007, Velasco et al. 2007) pone le basi per l’approfondimento a livello genomico di molti importanti interrogativi biologici i cui risultati costituiranno le basi scientifiche per le applicazioni future in viticoltura .
La disponibilità della sequenza genomica predetta ed annotata consente lo studio globale del trascrittoma codificante (mRNA) e non codificante (sncRNA) per definire l’espressione genica in risposta a differenti condizioni biologiche e in relazione a particolari momenti di sviluppo della pianta di vite.
Tra i diversi strumenti di analisi globale dell’espressione genica, i “microarray” sono la tecnologia più diffusa ed utilizzabile ad un costo ragionevole. La piattaforma Combimatrix consiste in un recente sviluppo della tecnologia di “microarray”, che produce “array” di oligonucleotidi ad alta densità attraverso una procedura elettrochimica di sintesi. Questa piattaforma a basso costo permette di condurre esperimenti di espressione genica sia su “array” disegnati per l’analisi dell’espressione dell’intero genoma (GWTchip-“Grapevine Whole Transcriptome chip”) sia su “array” di miRNA partendo dalle sequenze identificate nel genoma di vite o in specifiche librerie (ncRNA chip- “non coding RNAchip”). Questi strumenti di analisi insieme con la tecnologia “deep sequencing” saranno utilizzati per caratterizzare i cambiamenti di espressione genica, i profili di miRNA e i loro “targets” da campioni di vite. I campioni oggetto di studio deriveranno da una serie di condizioni fisiologiche importanti per la vite e la qualità del vino, come la maturazione della bacca - in cui sarà studiato anche il ruolo degli ormoni vegetali – e l’appassimento post-raccolta, come pure da situazioni patologiche (due differenti infezioni fungine e una virale) che compromettono la resa e la qualità del raccolto in tutte le regioni di coltivazione della vite.

Sponsors:

PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE
Funds: assigned and managed by the department
Syllabus: PRIN

Project participants

Linda Avesani
Temporary Assistant Professor
Mario Pezzotti
Full Professor
Sara Zenoni
Associate Professor

Activities

Research facilities