Bioinformatica e Biologia Computazionale

Le attività dei gruppi nell’ambito della BIOINFORMATICA E BIOLOGIA COMPUTAZIONALE si focalizzano su:
- Lo sviluppo ed integrazione di pipeline bioinformatiche per l’analisi di varianti geniche a partire da dati genomici su larga scala e l’identificazione della loro implicazione nel fenotipo, sia in uomo che in pianta
- Integrazione di dati genomici ottenuti mediante tecnologie genomiche avanzate, come il sequenziamento di terza generazione, il “linked-read sequencing” e le mappe ottiche, per la ricostruzione dei genomi eucariotici e procariotici
- Metodi bioinformatici per l’annotazione dei genomi, l’analisi quantitativa del trascrittoma, incluso il miRNoma, e l’identificazione delle isoforme trascrizionali
- Metodi bioinfromatici e statistici per l'analisi di dati di metagenomica
- Bioinformatica Strutturale di proteine APPLICATA a casi di interesse biochimico
- Sviluppo di tecniche di bioinformatica e biofisica computazionale focalizzate alla caratterizzazione della relazione sequenza-struttura-dinamica-funzione delle proteine
- Modellizzazione fisico-matematica di processi molecolari e cellulari di interesse biomedico
- Sviluppo di modelli numerici multi-scala in oncologia
Roberto Chignola
Assistant Professor
Massimo Delledonne
Full Professor
Marzia Rossato
Temporary Assistant Professor
Skills
Topic People Description
Genomics, comparative genomics, functional genomics - Genomics, comparative genomics, functional genomics (see  ERC classification)
Clinical genomics Massimo Delledonne
Marzia Rossato
identification e annotation of single nucleotide variants and structural variants in congenital disorders, based on genome, exome or targeted sequencing.
Functional genomics Massimo Delledonne
Marzia Rossato
analysis of genomic variants (structural or single nucleotide) and their impact on gene expression (transcriptome) and on the deposition of epigenetic modifications (epigenome), both in plant and human.
Structural genomics Massimo Delledonne
Marzia Rossato
Genome assembly and structural variation analysis using advanced genomic technologies, such as second and third generation sequencing (linked-read sequencing, Single Molecule Real Time Sequencing, nanopore sequencing) and optical mapping.
Metagenomic and metabarcoding Massimo Delledonne
Marzia Rossato
analysis of water microbiome and identification of tropical new species by analysis of genomic barcodes and the use of a portable genomics laboratory.
Simulation engineering and modelling - Simulation engineering and modelling standard compliant  ERC
Modellizzazione e simulazione di sistemi biologici complessi Roberto Chignola
L'obiettivo principale è lo studio delle proprietà biologiche emergenti dei tumori solidi quando essi siano ancora in una fase precoce di crescita. Le metodologie fisico/matematiche/ingegneristiche sviluppate possono essere applicate ad altri aspetti biologici e biomedici, anche se non di diretta pertinenza dell'oncologia. In ogni caso l'attività teorica procede in parallelo con quella sperimentale. Quest'ultima utilizza prevalentemente sistemi cellulari in vitro. Le metodologie, in particolare, concernono: - analisi mono- e multi-variata di dati biologici; - sviluppo di modelli matematici di specifici processi di interesse biologico a livello di scala molecolare e cellulare; - sviluppo di modelli multi-scala e simulazione numerica; - sviluppo di strategie sperimentali per la validazione degli output dei modelli
Gruppi di ricerca
Name Description URL
Biotecnologie Genetiche
Immunologia e oncologia teorica sperimentale Responsabile: dott. Roberto Chignola – Referente sicurezza: Roberto Chignola
Oncologia Teorica e Sperimentale

Activities

Research facilities