Bioinformatica e Biologia Computazionale

Roberto Chignola
Assistant Professor
Alejandro Giorgetti
Associate Professor
Nicola Vitulo
Temporary Assistant Professor
Skills
Topic People Description ISI-CRUI
Biophysics - Biophysics standard compliant  ISI
biophysics and biomedicine Roberto Chignola
During the last 16 years I have been collaborating with Prof. Edoardo Milotti (Department of Physics, University of Trieste) and his reaserch group to the development of a numerical model for the growth of solid tumors. The project, which is now in an advanced stage of development, has allowed us to deepen our understanding of the following biophysical/biological aspects: cell cycle desynchronisation dynamics, how biochemical thresholds that govern cell cycle dynamics work, the behaviour of cell aggregates and the onset of emerging collective properties. The results have then been used to synthesize a new metabolic scaling law for tumours and more recently to detail the diffusion of small molecules in the tumour microenvironment. Our multidisciplinary approach is rigoroulsy quantitative, and in these years it has also stimulated new lab work and experimental strategies.
Computer Science - Interdisciplinary standard compliant  ISI
Analisi dati di metagenomica Nicola Vitulo
La metagenomica applica una serie di approcci basati su tecnologie di nuova generazione per il sequenziamento del DNA e di metodi bioinformatici per studiare l’intero contenuto genetico di una comunità di microorganismi. Questa competenza consiste nell’utilizzo di metodi bioinformatici per l’analisi di dati di metagenomica generati sia da un approccio basato su amplificazione di un gene marcatore (ad esempio 16S), sia da sequenziamento totale (whole metagenome sequencing).
Genomica computazionale Nicola Vitulo
La genomica computazionale si occupa dell’analisi e dello studio delle sequenze genomiche mediante l’uso di approcci bioinformatici. Alcune delle attività di cui si occupa la genomica computazionale sono l’assemblaggio di genomi, predizione e annotazione genica, la genomica comparata e l’allineamento di sequenze.
Metodi computazionali per l’analisi del trascrittomica Nicola Vitulo
La trascrittomica si occupa dello studio e dell’analisi dell’espressione genica. L’analisi del trascrittoma mediante l’utilizzo di sequenziatori di nuova generazione prende il nome di RNA-seq (RNA sequencing). Gli approcci bioinformatici applicati ai dati di RNA-seq permettono di quantificare l’espressione dei geni e di comparare l’espressione genica in condizioni differenti al fine di identificare quali geni sono sovra o sotto regolati nelle diverse condizioni.
Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology: Molecular and population genetics, genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, bioinformatics, computational biology, biostatistics, biological modelling and simulation, systems biology, genetic epidemiology - Bioinformatics standard compliant  ERC 2017
Bioinformatics Alejandro Giorgetti
The main interests and the principal activities of the area include: protein modeling from sequence, in particular using comparative modeling techniques; protein structure analysis; protein sequence analysis; protein design; the development of tools aimed at the investigation and understanding of the relationship between protein sequence, structure and function, in particular in systems that include membrane proteins. Biochemistry & Biophysics
Gruppi di ricerca
Name Description URL
Bioinformatica applicata Responsabile: dott. Alejandro Giorgetti – Referente sicurezza: Alejandro Giorgetti
Immunologia e oncologia teorica sperimentale Responsabile: dott. Roberto Chignola – Referente sicurezza: Roberto Chignola
Oncologia Teorica e Sperimentale
Projects
Title Managers Sponsors Starting date Duration (months)
Analisi e protezione del software mediante interpretazione astratta (PRIN 2007) Roberto Giacobazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 9/22/08 24
Analisi statica e dinamica per la certificazione automatica di sicurezza di programmi (PRIN 2006) Roberto Giacobazzi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 2/9/07 24
Certificazione automatica di sistemi mediante interpretazione astratta (PRIN 2004) Roberto Giacobazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 11/30/04 24
Combinazione di analisi e sintesi di programmi: co-generazione di astrazioni e raffinamenti per l'analisi e la sintesi di programmi (PRIN 2009 valutato positivamente ma non finanziato) Roberto Giacobazzi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 7/15/11 24
Automatic process control for energy saving and resource recovery in waste water management Alessandro Farinelli 3/28/14 12
Crescita di sferoidi tumorali: simulazione numerica e validazione sperimentale del modello Roberto Chignola Ateneo 10/1/05 12
FUCSIA2007 - Obfuscation and Steganography by Abstract Interpretation Roberto Giacobazzi 7PQ VALUTATI POSITIVAMENTE 3/26/08 36
FUCSIA2008 - Obfuscation and Steganography by Abstract Interpretation Roberto Giacobazzi 7PQ VALUTATI POSITIVAMENTE 11/27/08 36
Realizzazione e validazione sperimentale di un modello numerico di crescita di sferoidi tumorali Roberto Chignola PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 10/30/05 24
Slowing down the aggressiveness of solid tumors Roberto Chignola 3/1/17 24
Simulazione numerica di popolazioni di cellule tumorali: verifica sperimentale, stima dei parametri e analisi critica delle previsioni Roberto Chignola 7/29/08 24
Simulazione numerica di Sferoidi Tumorali Multicellulari: validazione sperimentale, stima di parametri e modellizzazione di specifici circuiti biochimici Roberto Chignola Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 10/17/11 24
Studio della crescita di aggregati di cellule tumorali Roberto Chignola Ateneo 4/1/04 12
Virtual Biophysics Lab (VBL-RAD) Roberto Chignola INFN - Istituto Nazionale di Fisica Nucleare 1/1/09 36

Activities

Research facilities