Genetica e genomica umana, vegetale e microbica

L’attività dei gruppi di ricerca dell’area di genetica e genomica è rivolta allo studio del genoma degli organismi, sia eucariotici che procariotici, al fine di determinarne la struttura, il contenuto, la funzione e l’evoluzione. Le attività di ricerca si basano principalmente sull’analisi ed integrazione di dataset –omici, ottenuti con piattaforme di analisi ad elevata processività, con lo scopo di ottenere una visione olistica del contesto biologico in analisi.
Inoltre vengono utilizzate procedure di evoluzione diretta e/o selezione fenotipica per la creazione di ceppi di microrganismi dedicati a processi biotecnologici.
Le ricerche riguardano l’ambito umano, vegetale e microbiologico.

In ambito umano, i progetti si focalizzano su:
- identificazione di varianti geniche causative in patologie congenite e multifattoriali;
- utilizzo di tecnologie genomiche avanzate come il sequenziamento di terza generazione e le mappe ottiche per la ricostruzione dei genomi e lo studio di riarrangiamenti cromosomici complessi;
- identificazione dell’impatto delle varianti strutturali sull’espressione genica e sulla deposizione di marcatori epigenetici.
- analisi di microRNA come biomarcatori di patologie complesse e di risposta al trattamento farmacologico.

Nel contesto della genetica e genomica vegetale, gli studi riguardano:
- identificazione, anche mediante analisi dell’associazione tra marcatori genetici/varianti alleliche e tratti fenotipici in popolazioni segreganti/collezioni di germoplasma oltre che mining di dataset trascrittomici, e caratterizzazione di geni responsabili del controllo della maturazione e qualità del frutto e delle risposte all'ambiente in funzione dei cambiamenti climatici;
- la dissezione genetica ed epigenetica dell’embriogenesi somatica;
- l’integrazione di big data di set -omici diversi;
- la comprensione genetica dell’interazione genotipo- ambiente;
- l’assemblaggio e l’annotazione di genomi;
- l’analisi di varianti geniche a singolo nucleotide e varianti strutturali in diversi cloni e cultivar, e la loro annotazione rispetto ai geni codificanti e alle porzioni regolatorie del genoma.

In ambito microbiologico, le attività si focalizzano su:
- caratterizzazione genetica e genomica di specifici ceppi di lieviti e batteri utili per applicazioni biotecnologiche in ambito agro-alimentare (es. sviluppo e/o miglioramento di alimenti, bevande e integratori ad alto valore aggiunto);
- analisi del microbioma in diversi ambienti naturali (es. microbioma delle acque superficiali).
Silvia Dal Santo
Temporary Assistant Professor
Giovanna Felis
Associate Professor
Sandra Torriani
Full Professor
Skills
Topic People Description
Applied biotechnology (non-medical), bioreactors, applied microbiology - Applied biotechnology (non-medical), bioreactors, applied microbiology (see  ERC classification)
Genetica e genomica di microrganismi di interesse agro-alimentare Giovanna Felis
Sandra Torriani
Caratterizzazione genetica e genomica di specifici ceppi di lieviti e batteri utili per applicazioni biotecnologiche in ambito agro-alimentare e salutistico (es. sviluppo e/o miglioramento di alimenti, bevande e integratori ad alto valore aggiunto).
Bioinformatics - Bioinformatics (see  ERC classification)
Identificazione e caratterizzazione di famiglie geniche Silvia Dal Santo
Lo studio delle famiglie geniche si basa sull'identificazione dei membri della famiglia nel genoma della specie in oggetto e della loro caratterizzazione a livello di struttura genica, localizzazione cromosomica, duplicazione genica, organizzazione dei motivi proteici, e della loro espressione differenziale sia in diversi organi/tessuti che in diverse condizioni ambientali (stress biotico e/o abiotico).
La comprensione genetica dell’interazione genotipo-ambiente Silvia Dal Santo
L'attività di ricerca è volta allo studio delle interazioni genotipo-ambiente in specie di interesse agrario, tramite elaborazione statistica di diversi dataset -omici (data mining, machine learning etc).
Transcriptomics - Transcriptomics (see  ERC classification)
Studio della variazione somaclonale in piante di interesse agrario Silvia Dal Santo
Lo scopo dell'attività di ricerca è capire se ed in quale misura l'embriogenesi somatica e la rigenerazione in vitro possano alterare le prestazioni agronomiche di piante di interesse agrario rigenerate e come queste alterazioni siano legate all'espressione genica e/o alla metilazione del DNA. Vengono utilizzate tecniche di sequenziamento ad elevata processività, a cui si affiancano rilevazioni in campo dei più importanti parametri agronomici della specie vegetale in oggetto.
Gruppi di ricerca
Name Description URL
Microbiologia degli Alimenti Le competenze del gruppo riguardano lo studio dei microrganismi di interesse alimentare, sia quelli pro-tecnologici importanti nel processo produttivo, sia quelli patogeni e causa di difetti, nonchè i meccanismi molecolari di sinergia e antagonismo.

Activities

Research facilities