Structural and functional proteomics

Research activity in STRUCTURAL AND FUNCTIONAL PROTEOMICS is aimed at study of the structure/dynamics and function of proteins, a fundamental step in understanding cellular mechanisms and processes. In this regard, research themes are focused on aspects that range from enzymology to proteomics to structural biology, from protein biochemistry to biotechnology. The proteins of interest are obtained in a recombinant form using techniques that utilise molecular biology and biochemistry. The characterisation of proteins and their role in the formation of protein-protein and protein-ligand complexes is carried out with kinetic and spectroscopic methods combined with protein engineering and complete structural determination (X-ray and NMR). EXPRESSION PROTEOMICS studies the level of expression of proteins and their interactions with the aim of identification and characterization of biomarkers and the ranged molecular mechanisms of human pathologies and identify proteins and peptides from organisms of agrifood interest and/or those of plant or microbial origin. The overall aim is to develop analytical methods for advanced proteomic analyses. The study of level of expression of proteins is performed by mass spectrometry, electrophoretic and chromatographic techniques, and bioinformatics. Taken together, these research activities can be applied in a variety of biomedical and biotechnological applications with potential industrial, environmental and biomedical uses.
Michael Assfalg
Associate Professor
Alessandra Astegno
Assistant Professor
Stefano Capaldi
Assistant Professor
Daniela Cecconi
Associate Professor
Paola Dominici
Full Professor
Mariapina D'Onofrio
Assistant Professor
Skills
Topic People Description
Analytical chemistry - Analytical chemistry (see  ERC classification)
Metodologie analitiche per analisi proteomiche Daniela Cecconi
Sviluppo e messa a punto di metodologie elettroforetiche, cromatografiche e di spettrometria di massa per analisi proteomiche
Applied genetic engineering, transgenic organisms, recombinant proteins, biosensors - Applied genetic engineering, transgenic organisms, recombinant proteins, biosensors (see  ERC classification)
Proteine ricombinanti ed Ingegneria proteica Alessandra Astegno
Paola Dominici
Produzione di proteine ricombinanti in sistemi di espressione procariotici. Ingegnerizzazione proteica mediante mutagenesi razionale.
Biochemistry and molecular mechanisms of signal transduction - Biochemistry and molecular mechanisms of signal transduction (see  ERC classification)
Proteomica di espressione differenziale Daniela Cecconi
Identificazione di biomarcatori proteici e caratterizzazione dei meccanismi molecolari alterati in varie patologie umane, meccanismi molecolari di azione di nuovi agenti antitumorali
Biological chemistry - Biological chemistry (see  ERC classification)
Chemistry of biomacromolecules Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
General biochemistry and metabolism - General biochemistry and metabolism standard compliant 
Caratterizzazione biochimica di proteine ad attività enzimatica Alessandra Astegno
Meccanismi catalitici e regolatori di enzimi dipendenti dalla vitamina B6
Studio del rapporto struttura/funzione di enzimi Paola Dominici
Meccanismi catalitici e regolatori di enzimi piridossal-fosfato-dipendent
Molecular interactions - Molecular interactions standard compliant 
Interazioni proteina-ligando Paola Dominici
Studio dei meccanismi molecolari della interazione di ligandi con proteine calcio-sensori ed eme- proteine
Interazioni proteina-ligando e nanoparticella-biomolecola Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Riconoscimento molecolare e caratterizzazione degli equilibri di associazione
Studio delle interazioni proteina-ligando Alessandra Astegno
Meccanismi molecolari della interazione di ligandi con proteine calcio-sensori ed emeproteine
Proteomics - Proteomics standard compliant 
Chimica Analitica - Proteomica Daniela Cecconi
Questa area di ricerca prevede l’utilizzo delle tecniche della Proteomica per lo studio su grande scala delle proteine (in particolare delle loro regolazioni nel livello di espressione). L’analisi proteomica, la nuova frontiera della ricerca biologica e medica, è fondata essenzialmente sulle metodologie proprie della “chimica analitica”. Lo studio del proteoma, infatti, si basa sulla separazione e sulla successiva analisi qualitativa (identificazione) e quantitativa di popolazioni di analiti di natura proteica, ponendo al centro la metodologia di più rilevante impatto sulla moderna chimica analitica: la spettrometria di massa. In particolare nel laboratorio di Proteomica si effettuano purificazioni e prefrazionamento di estratti proteici (da campioni di origine umana, animale, vegetale e microbiologica), cromatografie, elettroforesi 2D, analisi delle immagini delle mappe 2D, western blot 2D, identificazioni di proteine tramite spettrometria di massa.
Spectroscopic and spectrometric techniques - Spectroscopic and spectrometric techniques (see  ERC classification)
Spettroscopia NMR biomolecolare Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Esperimenti multinucleari, misure di rilassamento di spin, diffusione
Structural biology (crystallography and EM) - Structural biology (crystallography and EM) standard compliant 
Structural Biology Stefano Capaldi
Gruppi di ricerca
Name Description URL
Biochimica Responsabile: prof.ssa Paola Dominici – Referente sicurezza: Alessandra Astegno
Biocristallografia e Nanostrutture
Proteomica e spettrometria di massa Responsabile: prof.ssa Daniela Cecconi – Referente sicurezza: Daniela Cecconi
Spettroscopia NMR Indagini strutturali e dinamiche di biomolecole mediante spettroscopia di risonanza magnetica nucleare in alta risoluzione
Projects
Title Managers Sponsors Starting date Duration (months)
NIP - Nuovo Piano Industriale del Lattiero-Caseario Veneto Daniela Cecconi Regione del Veneto 11/6/17 32

Activities

Research facilities