Proteomica strutturale, funzionale e di espressione

Michael Assfalg
Associate Professor
Alessandra Astegno
Assistant Professor
Matteo Ballottari
Associate Professor
Stefano Capaldi
Assistant Professor
Daniela Cecconi
Associate Professor
Mariapina D'Onofrio
Assistant Professor
Massimiliano Perduca
Assistant Professor
Skills
Topic People Description ISI-CRUI
Biochemistry & Molecular Biology - Biochemistry & Molecular Biology standard compliant  ISI
Biochimica Fisica Daniele Dell'Orco
Physical and Systems Biochemistry, nanobiophysics, molecular basis of retinal diseases, protein-nanodevice interactions, structure-function properties in protein complexes, neuronal calcium sensors, bioinformatics and systems biology Biochemistry & Biophysics
Clinical molecular biology. Martina Montagnana
Gian Luca Salvagno
This topic includes the use of molecular biology techniques in the clinical context. Molecular Biology & Genetics
Enzymology and Protein chemistry Mariarita Bertoldi
studio della chimica delle proteine e dei meccanismi di funzionamento degli enzimi
Genome editing Donato Zipeto
Sviluppo di protocolli di genome editing mediante CRISPR/Cas9 e di linee cellulari knock-out; analisi del ruolo della β2-microglobulina nell’eziologia di malattie neurodegenerative;
Inquinamento da metalli Giuseppe Carra
Inquinamento da metalli
Interazioni virus-cellula Donato Zipeto
Studio del ruolo del sistema MHC-I nel controllo dell’infezione da HIV
Molecular mechanisms of the antitumoral activity of various compounds Marta Palmieri
Innovative strategies to inhibit prolifaration of pancreatic adenocarcinoma in in vitro and in vivo models
Meccanismi molecolari di chemioresistenza in cellule di cancro del pancreas Massimo Donadelli
Strategie innovative per inibire la proliferazione cellulare dell'adenocarcinoma pancreatico in modelli cellulari e animali. Meccanismi molecolari oncogenici indotti da p53 mutata. Regolazione trascrizionale mediante modificazioni epigenetiche; regolazione dello stress ossidativo e dei meccanismi molecolari dell'autofagia nel cancro.
Meccanismi protettivi di fitocomposti in sistemi cellulari modello di patologie Marta Vittoria Menegazzi
Meccanismi protettivi di fitocomposti in sistemi cellulari modello di patologie
Medicina di laboratorio - biochimica clinica - analisi ematochimiche - medicina traslazionale - biomarcatori Giuseppe Lippi
Medicina di laboratorio - biochimica clinica - analisi ematochimiche - medicina traslazionale - biomarcatori
Protein chemistry and Enzymology Alessandra Astegno
Matteo Ballottari
Comprensione delle relazioni struttura, dinamica e funzione di proteine, e dei meccanismi di funzionamento degli enzimi
Oxidative stress and inflammation Sofia Giovanna Mariotto
- Functional cross-talk between constitutive and nitric oxide synthase. Modulation of NO production in in vitro inflammatory models. - Molecular mechanism of apoptotic activity of natural compounds towards tumoral cells. - Oxidative stress and post-translational modifications of the transcription factor STATs.
Structural Molecular Biology Stefano Capaldi
Ugo Luigi Monaco
Massimiliano Perduca
Studi di correlazione struttura-funzione di proteine mediante la diffrazione di raggi X, la Surface Plasmon Resonance (SPR) e tecniche calorimetriche (ITC-DSC), incentrandosi su proteine che hanno la proprietà di legare piccole molecole idrofobiche.
Struttura e funzione di aggregati proteici Giovanni Gotte
Studi strutturali e funzionali di multimeri e oligomeri proteici, in paricolare di varie ribonucleasi di tipo pancreatico, ottenibili tramite modifiche chimiche e/o cross linking, o attraverso aggregazione proteica tramite scambio tridimensionale di domini.
Trasduzione del segnale - biosintesi di proteine secrete Elio Maria Liboi
Glicosilazione e vie di segnalazione dei recettori ad attività tirosino chinasi nel pathway secretorio.
Methods validation in clinical chemistry Elisa Danese
Chemistry - Analytical standard compliant  ISI
Chimica Analitica - Proteomica Daniela Cecconi
Questa area di ricerca prevede l’utilizzo delle tecniche della Proteomica per lo studio su grande scala delle proteine (in particolare delle loro regolazioni nel livello di espressione). L’analisi proteomica, la nuova frontiera della ricerca biologica e medica, è fondata essenzialmente sulle metodologie proprie della “chimica analitica”. Lo studio del proteoma, infatti, si basa sulla separazione e sulla successiva analisi qualitativa (identificazione) e quantitativa di popolazioni di analiti di natura proteica, ponendo al centro la metodologia di più rilevante impatto sulla moderna chimica analitica: la spettrometria di massa. In particolare nel laboratorio di Proteomica si effettuano purificazioni e prefrazionamento di estratti proteici (da campioni di origine umana, animale, vegetale e microbiologica), cromatografie, elettroforesi 2D, analisi delle immagini delle mappe 2D, western blot 2D, identificazioni di proteine tramite spettrometria di massa. Chemistry & Analysis
Chemistry - Multidisciplinary standard compliant  ISI
Chemistry of biomacromolecules Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Laboartorio NMR Henriette Molinari
Chemistry
Laboratorio NMR Henriette Molinari
Chemistry
Gruppi di ricerca
Name Description URL
Biochimica Responsabile: prof.ssa Paola Dominici – Referente sicurezza: Alessandra Astegno
Biocristallografia
Laboratorio di Biosfruttamento dell'Energia Solare (SOLE-LAB) https://www.solelab.org/ https://www.solelab.org/
Laboratorio di Fotosintesi Biochimica e fisiologia molecolare della fotosintesi
Proteomica e spettrometria di massa Responsabile: prof.ssa Daniela Cecconi – Referente sicurezza: Daniela Cecconi
Spettroscopia NMR Indagini strutturali e dinamiche di biomolecole mediante spettroscopia di risonanza magnetica nucleare in alta risoluzione
Projects
Title Managers Sponsors Starting date Duration (months)
“Abuse of Smart Drugs: impacts on society, healthcare, law; damages in young athletes: epidemiology; pathology, biochemistry and toxicology.” Federica Bortolotti MIUR - FIRB 4/1/13 48
A combined biochemical and cell biology approach to improve the pharmacological treatment of PH1: from pyridoxine derivatives to proteostasis regulators Barbara Cellini 10/1/12 30
AGGREGAZIONE DI RIBONUCLEASI DI TIPO PANCREATICO: DALL'RNAsi A ALL'ANGIOGENINA. IMPLICAZIONI NELL'INSORGENZA DELLA SCLEROSI LATERALE AMIOTROFICA (SLA). Giovanni Gotte PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 12/1/08 24
Analisi proteomica del cancro colorettale Piergiorgio Righetti, Daniela Cecconi, Alberto Milli Ateneo 1/31/06 36
Analisi proteomica del linfoma a cellule del mantello Daniela Cecconi, Marco Chilosi, Alberto Zamo' Ateneo 1/31/06 36
Analisi proteomica di tumori pancreatici esocrini ed endocrini Daniela Cecconi, Marta Palmieri, Aldo Scarpa Ateneo 1/31/07 36
Analisi proteomica per studiare gli effetti dell’acido miristico sul metabolismo lipidico e sulla miristilazione proteica di cellule HepG2 Daniela Cecconi 1/1/15 36
Analysis of the interaction between HLA-C and HIV-1 Env Donato Zipeto Unione Europea 1/1/10 24
Anti-STAT3 and -NF-kB phytocompounds against glioma Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 5/25/10 24
Azione concertata italiana per lo sviluppo di un vaccino contro HIV-AIDS (ICAV) Donato Zipeto ISS Istituto Superiore di Sanità 9/11/06 18
Biochemical study of the modulation of JAK/STAT pathway by sesquiterpenes from Artemisia Sofia Giovanna Mariotto PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 5/25/10 24
Biologia strutturale e funzionale di proteine coinvolte nel trasporto di ligandi e nella regolazione dell'attività cellulare Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 3/24/06 24
Biosintesi della D-serina: caratteristiche molecolari e proprietà funzionali della serina racemasi da mammifero Mariarita Bertoldi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/1/08 24
Caratterizzazione strutturale della proteina 14-3-3 gamma umana Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/7/05 36
Caratterizzazione strutturale e funzionale della prostaglandina D sintetasi umana (beta trace). Ugo Luigi Monaco Fondazione Cariverona 5/1/09 24
Determinazione strutturale del mutante della Transtiretina (TTR F64L) Massimiliano Perduca Ateneo 1/10/05 36
Emoglobine vegetali esacoordinate: ruolo dei residui distali della tasca di legame dell'eme Paola Dominici Ateneo 10/1/05 12
Engineering a fusion enzyme for determination of bioactive amines Alessandra Astegno 1/1/16 24
Enzimi PLP-dipendenti come target di molecole ad azione antimicrobica e chemioterapica Alessandra Astegno 1/1/15 48
Epigenetic effects of chronic alcohol consumption on colonic mucosa Simonetta Friso 3/9/06 36
European Vaccines and Microbicides Enterprise (EUROPRISE) Donato Zipeto Unione Europea 1/1/07 60
Finding new markers for Intrauterine Growth Restriction Daniela Cecconi Ateneo 1/1/10 36
FP7/2007-2013 - Utility of omic-based biomarkers in characterizing older individuals at risk for frailty, its progression to disability and general consequences to health and well-being - The FRAILOMIC Initiative Giuseppe Lippi 1/1/13 60
Identificazione e caratterizzazione di proteine e peptidi bioattivi poco abbondanti del siero di latte Daniela Cecconi Ateneo, Elda s.r.l. 10/1/09 24
Molecular recognition in protein-ligand, protein-protein and protein-surface interactions: development of integrated experimental and computational approaches to the study of systems of pharmaceutical interest Ugo Luigi Monaco Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca, MIUR - FIRB 9/12/05 48
Indagini sul meccanismo di formazione degli oligomeri della ribonucleasi A e sulle loro attività biologiche Massimo Libonati Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 1/1/04 24
Induzione di anticorpi neutralizzanti ad ampio spettro contro il virus dell'immunodeficienza umana (HIV) per lo sviluppo di un vaccino contro l'AIDS. Donato Zipeto Fondazione Cariverona 1/17/06 24
INFIAMMAZIONE ED AUTOIMMUNITA' CYTOMEGALOVIRUS-MEDIATA IN CORSO DI ARTERIOSCLEROSI CORONARICA: UN APPROCCIO INTEGRATO, CLINICO E PROTEO-GENOMICO, PER IL DESIGN DI NUOVE STRATEGIE DIAGNOSTICHE E TERAPEUTICHE. Oliviero Olivieri PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 6/1/06 24
Lipid transfer proteins e membrane biologiche: studi sulle interazioni dirette e mediate da lipidi o proteine di membrana Massimo Crimi Ateneo 7/1/04 12
Molecular mechanism of anti-inflammatory action of plant compounds: in vitro and in vivo study Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/1/07 24
Natural and modified flavonoids and terpens in phyto-chemio-prevention and treatment. Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 2/9/09 24
Next generation technologies for the investigation of B-cell lymphoma Daniela Cecconi FIRB VALUTATO POSITIVAMENTE 1/1/10 36
Nuove applicazioni della spettrometria di massa ad alta risoluzione alla medicina e scienze forensi Franco Tagliaro Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 9/22/08 24
Nuove tecnologie e metodologie tossicologico-forensi applicate allo studio dell’associazione tra incidenti stradali e tipologie di uso/abuso alcolico con riguardo particolare alla popolazione giovanile veronese Franco Tagliaro Fondazione Cariverona 5/1/09 24
Nuovi approcci per la cura della fibrosi cistica mediante terapia genica e cellulare Donato Zipeto Regione Veneto 4/9/10 24
Profilo metabolomico del liquido amniotico nel diabete gestazionale, ritardo di crescita intrauterino (IUGR), malattie del rene e delle vie urinarie e dell'apparato respiratorio Marco Zaffanello 2/26/15 36
Purificazione, cristallizzazione e studi di diffrazione di raggi X di una lectina con attività antitumorale da rizomi di Arundo donax: ADL (Arundo Donax Lectin) Massimiliano Perduca Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 12/4/08 24
Purificazione, studi strutturali e di interazione con ligandi di due nuove lectine con attività antitumorale: ADL (Arundo Donax Lectin) e POL (Pleurotus Ostreatus Lectin) Massimiliano Perduca Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 3/19/10 24
Regolazione genetica ed epigenetica dell'espressione di geni della coagulazione: effetti funzionali sulla via del FVII-TF e conseguenze sul rischio di malattia arteriosa coronarica Oliviero Olivieri MIUR - PRIN 9/30/04 24
Ricerca di marcatori molecolari proteici nel tumore pancreatico tramite analisi proteomiche di cellule staminali tumorali Daniela Cecconi, Marta Palmieri 1/1/14 60
Ruolo delle Lipid Transfer Protein come proteine di difesa: attività antimicrobica e ruolo dell scambio lipidico Massimo Crimi Ateneo 9/1/05 12
RUOLO DI PARP-1 NELLA REGOLAZIONE DELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE NELL'ASMA ALLERGICO. Marta Vittoria Menegazzi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/1/06 24
RUOLO DI PARP-1 NELLA REGOLAZIONE DELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE NELL'ASMA ALLERGICO. (2004) Marta Vittoria Menegazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 1/1/04 24
RUOLO DI PARP-1 NELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE IN PROCESSI INFIAMMATORI ASSOCIATI ALL'ASMA. (2007) Marta Vittoria Menegazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 1/1/07 24
Structural and functional biology of proteins involved in ligand transport and cellular activity regulation Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 9/18/07 24
Studi di diffrazione di raggi X su lectine con importanti proprietà farmaceutiche isolate da funghi commestibili. (continuazione, anno 2004) Ugo Luigi Monaco Ateneo 1/7/04 36
Studio e definizione dei range di normalità delle concentrazioni di CDT nel siero umano. Franco Tagliaro 10/31/06 2
Studi strutturali e funzionali sulle calmoduline e calmodulin-like proteins di Arabidopsis Alessandra Astegno 1/1/15 48
Studi strutturali e funzionali sulle emoglobine di Arabidopsis Paola Dominici Ateneo 9/1/04 12
Studi strutturali su due isoforme della proteina muscleblind-like 1 umana Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 12/4/08 24
Studi strutturali su proteine che legano molecole idrofobiche Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 11/30/04 24
Un approccio integrato allo studio di struttura e funzione della lipocalina 15 umana e del ruolo da essa svolto, in condizioni normali e patologiche. Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 3/19/10 24
Vaccine development and selection Donato Zipeto ISS Istituto Superiore di Sanità 11/24/04 15

Activities

Research facilities