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Interdisciplinary
standard compliant
ISI
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| Analisi dati di metagenomica |
Nicola Vitulo
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La metagenomica applica una serie di approcci basati su tecnologie di nuova generazione per il sequenziamento del DNA e di metodi bioinformatici per studiare l’intero contenuto genetico di una comunità di microorganismi. Questa competenza consiste nell’utilizzo di metodi bioinformatici per l’analisi di dati di metagenomica generati sia da un approccio basato su amplificazione di un gene marcatore (ad esempio 16S), sia da sequenziamento totale (whole metagenome sequencing). |
| Genomica computazionale |
Nicola Vitulo
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La genomica computazionale si occupa dell’analisi e dello studio delle sequenze genomiche mediante l’uso di approcci bioinformatici. Alcune delle attività di cui si occupa la genomica computazionale sono l’assemblaggio di genomi, predizione e annotazione genica, la genomica comparata e l’allineamento di sequenze. |
| Metodi computazionali per l’analisi del trascrittomica |
Nicola Vitulo
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La trascrittomica si occupa dello studio e dell’analisi dell’espressione genica. L’analisi del trascrittoma mediante l’utilizzo di sequenziatori di nuova generazione prende il nome di RNA-seq (RNA sequencing). Gli approcci bioinformatici applicati ai dati di RNA-seq permettono di quantificare l’espressione dei geni e di comparare l’espressione genica in condizioni differenti al fine di identificare quali geni sono sovra o sotto regolati nelle diverse condizioni. |
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Bioinformatics
standard compliant
ERC
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| Genomic and transcriptomic analyzes of unicellular algae |
Matteo Ballottari
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Genomic and transcriptomic analyzes of unicellular algae |
| Bioinformatics |
Alejandro Giorgetti
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The main interests and the principal activities of the area include: protein modeling from sequence, in particular using comparative modeling techniques; protein structure analysis; protein sequence analysis; protein design; the development of tools aimed at the investigation and understanding of the relationship between protein sequence, structure and function, in particular in systems that include membrane proteins.
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Genomics, comparative genomics, functional genomics
(see
ERC
classification)
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| Clinical genomics |
Massimo Delledonne
Marzia Rossato
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identification e annotation of single nucleotide variants and structural variants in congenital disorders, based on genome, exome or targeted sequencing. |
| Functional genomics |
Massimo Delledonne
Marzia Rossato
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analysis of genomic variants (structural or single nucleotide) and their impact on gene expression (transcriptome) and on the deposition of epigenetic modifications (epigenome), both in plant and human. |
| Structural genomics |
Massimo Delledonne
Marzia Rossato
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Genome assembly and structural variation analysis using advanced genomic technologies, such as second and third generation sequencing (linked-read sequencing, Single Molecule Real Time Sequencing, nanopore sequencing) and optical mapping. |
| Metagenomic and metabarcoding |
Massimo Delledonne
Marzia Rossato
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analysis of water microbiome and identification of tropical new species by analysis of genomic barcodes and the use of a portable genomics laboratory. |
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Simulation engineering and modelling
standard compliant
ERC
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| Modellizzazione e simulazione di sistemi biologici complessi |
Roberto Chignola
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L'obiettivo principale è lo studio delle proprietà biologiche emergenti dei tumori solidi quando essi siano ancora in una fase precoce di crescita. Le metodologie fisico/matematiche/ingegneristiche sviluppate possono essere applicate ad altri aspetti biologici e biomedici, anche se non di diretta pertinenza dell'oncologia. In ogni caso l'attività teorica procede in parallelo con quella sperimentale. Quest'ultima utilizza prevalentemente sistemi cellulari in vitro. Le metodologie, in particolare, concernono: - analisi mono- e multi-variata di dati biologici; - sviluppo di modelli matematici di specifici processi di interesse biologico a livello di scala molecolare e cellulare; - sviluppo di modelli multi-scala e simulazione numerica; - sviluppo di strategie sperimentali per la validazione degli output dei modelli |
