Caratterizzazione del genoma di Burkholderia mediante sequenziamento basato sull’impiego di nanopori

Data inizio
1 aprile 2017
Durata (mesi) 
24
Dipartimenti
Biotecnologie
Responsabili (o referenti locali)
Delledonne Massimo

La consapevolezza della necessità di una agricoltura sostenibile anche da un punto di vista ambientale ha portato negli ultimi anni ad un notevole interesse verso approcci alla difesa della piante agrarie basati su metodi alternativi alla chimica basati su agenti di biocontrollo. Tuttavia, nonostante l’interesse crescente verso questo tipo di agricoltura sostenibile le basi molecolari del biocontrollo sono ancora poco caratterizzate.
Il progetto ha l’obiettivo di caratterizzare il genoma di un ceppo di Burkholderia, isolato come endofita di Vitis vinifera e potenzialmente coinvolto in attività di biocontrollo, per studiare ed identificare i geni coinvolti nei meccanismi di interazione con la pianta e di difesa della stessa da parte dei patogeni.
Per far fronte alle problematiche dovute all’elevata variabilità nelle dimensioni del genoma e numero di cromosomi tra diversi ceppi di Burkholderia con diverse specificità d’ospite e capacità di biocontrollo verranno messe a punto delle metodiche sia per la preparazione dei campioni e il loro sequenziamento sia per la successiva fase di analisi del dato.
Verranno pertanto prodotte librerie di DNA genomico che saranno sequenziate utilizzando la piattaforma MinIon di Oxford Nanopore basata sull’utilizzo di “nanopori” biologici e in grado di sequenziare frammenti di DNA grandi fino a oltre 50Kb, necessari per la ricostruzione del genoma “de novo” senza altre informazioni a priori.
I dati prodotti verranno utilizzati per l’assemblaggio del genoma. L’annotazione del set di geni codificati nel genoma consentirà di individuare i geni putativamente coinvolti nell’interazione e nel biocontrollo. Le metodiche messe a punto consentiranno inoltre al partner industriale (Biodiversa S.r.l.), già attivo nel campo del sequenziamento nell’uomo, di espandere il proprio portafoglio di prodotti anche verso applicazioni oggi non ancora disponibili commercialmente, quale il sequenziamento con nanopori.

Partecipanti al progetto

Massimo Delledonne
Professore ordinario

Attività

Strutture