Algoritmi e linguaggi per bioinformatica - ALGORITMI PER BIOINFORMATICA (2012/2013)

Corso disattivato

Codice insegnamento
4S000525
Docente
Zsuzsanna Liptak
crediti
6
Settore disciplinare
INF/01 - INFORMATICA
Lingua di erogazione
Inglese
Sede
VERONA
Periodo
II semestre dal 4-mar-2013 al 14-giu-2013.
Pagina Web
http://profs.sci.univr.it/~liptak/ALBioinfo/

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Orario lezioni

II semestre
Giorno Ora Tipo Luogo Note
lunedì 11.30 - 13.30 lezione Aula H  
mercoledì 8.30 - 10.30 lezione Aula H  

Obiettivi formativi

1. comprensione di alcuni dei principali problemi e algoritmi alla base della bioinformatica (allineamento, filogenetica); 2. comprensione delle principali problematiche legate alla computazione (complessita', efficienza, fattibilita').

Programma

ALLINEAMENTO DI SEQUENZE

applicazioni; allineamento di coppie di sequenze; ricerca esaustiva; programmazione dinamica (DP): algoritmo di Needleman-Wunsch (allineamento globale); algoritmo di Smith-Waterman (allineamento locale); altre varianti di questi algoritmi (cenni); formalismo su stringhe; matrici scoring: PAM (generazione, applicazioni); euristiche per l'allineamento di sequenze: dotplots, q-grams, FASTA, BLAST;

SIMILARITA' E DISTANZA TRA STRINGHE

Similarita' e distanza tra stringhe: similarita' percentuale, edit distance, distanza di Hamming; collegamento tra edit distance e punteggio di allinemento;

ANALISI DI ALGORITMI

Introduzione all'analisi di algoritmi, analisi di tempo e spazzio; notazione per l'analisi di complessita' (O-notation), crescita di funzioni;

FILOGENETICA

Storia della sistematica; introduzione a grafi ed alberi; numero di alberi filogenetici; dati basati su distanze: UPGMA; dati basati su caratteri: Perfect Phylogeny (PP); Small Parsimony: algoritmo di Fitch; Large Parsimony: euristiche (cenni)

STATISTICA

Richiami di statistica di base (test d'ipotesi, P value, errori di I e II tipo, statistica descrittiva);

Modalità d'esame

esame scritto e presentazione di un progetto.