Bioinformatica e Biologia Computazionale

Roberto Chignola
Ricercatore
Alejandro Giorgetti
Professore associato
Nicola Vitulo
Ricercatore a tempo determinato
Competenze
Argomento Persone Descrizione ISI-CRUI
Biophysics - Biophysics aderente allo standard  ISI
biofisica e biomedicina Roberto Chignola
Da 16 anni collaboro con il Prof. Edoardo Milotti (Dip. di Fisica, Università di Trieste, e INFN - Sezione di Trieste) e il suo gruppo di ricerca alla realizzazione di un simulatore numerico della crescita di tumori solidi. Il progetto, che attualmente è in fase assai avanzata, ha permesso di muovere passi significativi nella comprensione dei seguenti aspetti: le dinamiche che determinano la desincronizzazione del ciclo cellulare, la generazione di soglie molecolari che fissano i tempi del ciclo cellulare, il comportamento di aggregati di cellule tumorali e la conseguente emergenza di nuove proprietà collettive. Queste proprietà sono state poi generalizzate allo studio delle leggi di scala associate al metabolismo di tumori, e più recentemente allo studio dei flussi di nutrienti nel microambiente tumorale. Questo percorso pluriennale è caratterizzato da un approccio rigorosamente quantitativo, un approccio che ha stimolato anche nuovi esperimenti in grado di fornire stime appropriate di diversi parametri biologici.
Computer Science - Interdisciplinary aderente allo standard  ISI
Analisi dati di metagenomica Nicola Vitulo
La metagenomica applica una serie di approcci basati su tecnologie di nuova generazione per il sequenziamento del DNA e di metodi bioinformatici per studiare l’intero contenuto genetico di una comunità di microorganismi. Questa competenza consiste nell’utilizzo di metodi bioinformatici per l’analisi di dati di metagenomica generati sia da un approccio basato su amplificazione di un gene marcatore (ad esempio 16S), sia da sequenziamento totale (whole metagenome sequencing).
Genomica computazionale Nicola Vitulo
La genomica computazionale si occupa dell’analisi e dello studio delle sequenze genomiche mediante l’uso di approcci bioinformatici. Alcune delle attività di cui si occupa la genomica computazionale sono l’assemblaggio di genomi, predizione e annotazione genica, la genomica comparata e l’allineamento di sequenze.
Metodi computazionali per l’analisi del trascrittomica Nicola Vitulo
La trascrittomica si occupa dello studio e dell’analisi dell’espressione genica. L’analisi del trascrittoma mediante l’utilizzo di sequenziatori di nuova generazione prende il nome di RNA-seq (RNA sequencing). Gli approcci bioinformatici applicati ai dati di RNA-seq permettono di quantificare l’espressione dei geni e di comparare l’espressione genica in condizioni differenti al fine di identificare quali geni sono sovra o sotto regolati nelle diverse condizioni.
Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology: Molecular and population genetics, genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, bioinformatics, computational biology, biostatistics, biological modelling and simulation, systems biology, genetic epidemiology - Bioinformatics aderente allo standard  ERC 2017
Bioinformatics Alejandro Giorgetti
The main interests and the principal activities of the area include: protein modeling from sequence, in particular using comparative modeling techniques; protein structure analysis; protein sequence analysis; protein design; the development of tools aimed at the investigation and understanding of the relationship between protein sequence, structure and function, in particular in systems that include membrane proteins. Biochemistry & Biophysics
Gruppi di ricerca
Nome Descrizione URL
Bioinformatica applicata Responsabile: dott. Alejandro Giorgetti – Referente sicurezza: Alejandro Giorgetti
Immunologia e oncologia teorica sperimentale Responsabile: dott. Roberto Chignola – Referente sicurezza: Roberto Chignola
Oncologia Teorica e Sperimentale
Progetti
Titolo Responsabili Fonte finanziamento Data inizio Durata (mesi) 
Analisi e protezione del software mediante interpretazione astratta (PRIN 2007) Roberto Giacobazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 22/09/08 24
Analisi statica e dinamica per la certificazione automatica di sicurezza di programmi (PRIN 2006) Roberto Giacobazzi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 09/02/07 24
Certificazione automatica di sistemi mediante interpretazione astratta (PRIN 2004) Roberto Giacobazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 30/11/04 24
Combinazione di analisi e sintesi di programmi: co-generazione di astrazioni e raffinamenti per l'analisi e la sintesi di programmi (PRIN 2009 valutato positivamente ma non finanziato) Roberto Giacobazzi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 15/07/11 24
Controllo automatico di processo per risparmio energetico e recupero di risorse dalle acque reflue Alessandro Farinelli 28/03/14 12
Crescita di sferoidi tumorali: simulazione numerica e validazione sperimentale del modello Roberto Chignola Ateneo 01/10/05 12
FUCSIA2007 - Obfuscation and Steganography by Abstract Interpretation Roberto Giacobazzi 7PQ VALUTATI POSITIVAMENTE 26/03/08 36
FUCSIA2008 - Obfuscation and Steganography by Abstract Interpretation Roberto Giacobazzi 7PQ VALUTATI POSITIVAMENTE 27/11/08 36
Realizzazione e validazione sperimentale di un modello numerico di crescita di sferoidi tumorali Roberto Chignola PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 30/10/05 24
Ridurre l'aggressività dei tumori solidi Roberto Chignola 01/03/17 24
Simulazione numerica di popolazioni di cellule tumorali: verifica sperimentale, stima dei parametri e analisi critica delle previsioni Roberto Chignola 29/07/08 24
Simulazione numerica di Sferoidi Tumorali Multicellulari: validazione sperimentale, stima di parametri e modellizzazione di specifici circuiti biochimici Roberto Chignola Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 17/10/11 24
Studio della crescita di aggregati di cellule tumorali Roberto Chignola Ateneo 01/04/04 12
Virtual Biophysics Lab (VBL-RAD) Roberto Chignola INFN - Istituto Nazionale di Fisica Nucleare 01/01/09 36

Attività

Strutture