Bioinformatica e Biologia Computazionale

Le attività dei gruppi nell’ambito della BIOINFORMATICA E BIOLOGIA COMPUTAZIONALE si focalizzano su:
- Lo sviluppo ed integrazione di pipeline bioinformatiche per l’analisi di varianti geniche a partire da dati genomici su larga scala e l’identificazione della loro implicazione nel fenotipo, sia in uomo che in pianta
- Integrazione di dati genomici ottenuti mediante tecnologie genomiche avanzate, come il sequenziamento di terza generazione, il “linked-read sequencing” e le mappe ottiche, per la ricostruzione dei genomi eucariotici e procariotici
- Metodi bioinformatici per l’annotazione dei genomi, l’analisi quantitativa del trascrittoma, incluso il miRNoma, e l’identificazione delle isoforme trascrizionali
- Metodi bioinfromatici e statistici per l'analisi di dati di metagenomica
- Bioinformatica Strutturale di proteine APPLICATA a casi di interesse biochimico
- Sviluppo di tecniche di bioinformatica e biofisica computazionale focalizzate alla caratterizzazione della relazione sequenza-struttura-dinamica-funzione delle proteine
- Modellizzazione fisico-matematica di processi molecolari e cellulari di interesse biomedico
- Sviluppo di modelli numerici multi-scala in oncologia
Roberto Chignola
Ricercatore
Massimo Delledonne
Professore ordinario
Marzia Rossato
Ricercatore a tempo determinato
Competenze
Argomento Persone Descrizione
Genomics, comparative genomics, functional genomics - Genomics, comparative genomics, functional genomics (vedi classificazione  ERC )
Genomica clinica Massimo Delledonne
Marzia Rossato
identificazione e annotazione di varianti a singolo nucleotide e varianti strutturali in patologie congenite, mediante l’analisi del genoma, dell’esoma o di pannelli di genici specifici.
Genomica Funzionale Massimo Delledonne
Marzia Rossato
analisi delle varianti geniche (strutturali o a singolo nucleotide) e il loro impatto sull’espressione genica (trascrittoma) e sulla deposizione di modificazioni epigenetiche (epigenoma), sia in pianta che uomo.
Genomica strutturale Massimo Delledonne
Marzia Rossato
Assemblaggio di genomi e analisi delle variazioni strutturali attraverso tecnologie genomiche avanzate, quali il sequenziamento di seconda e terza generazione (linked-read sequencing, Single Molecule Real Time Sequencing, nanopore sequencing) e le mappe ottiche.
Metagenomica e metabarcoding Massimo Delledonne
Marzia Rossato
analisi del microbioma dell’acqua e identificazione di nuove specie mediante analisi di barcode genomici e l’utilizzo di un laboratorio di genomica portatile.
Simulation engineering and modelling - Simulation engineering and modelling aderente allo standard  ERC
Modellizzazione e simulazione di sistemi biologici complessi Roberto Chignola
L'obiettivo principale è lo studio delle proprietà biologiche emergenti dei tumori solidi quando essi siano ancora in una fase precoce di crescita. Le metodologie fisico/matematiche/ingegneristiche sviluppate possono essere applicate ad altri aspetti biologici e biomedici, anche se non di diretta pertinenza dell'oncologia. In ogni caso l'attività teorica procede in parallelo con quella sperimentale. Quest'ultima utilizza prevalentemente sistemi cellulari in vitro. Le metodologie, in particolare, concernono: - analisi mono- e multi-variata di dati biologici; - sviluppo di modelli matematici di specifici processi di interesse biologico a livello di scala molecolare e cellulare; - sviluppo di modelli multi-scala e simulazione numerica; - sviluppo di strategie sperimentali per la validazione degli output dei modelli
Gruppi di ricerca
Nome Descrizione URL
Biotecnologie Genetiche
Immunologia e oncologia teorica sperimentale Responsabile: dott. Roberto Chignola – Referente sicurezza: Roberto Chignola
Oncologia Teorica e Sperimentale

Attività

Strutture