JP2012 - Vitis vinifera cv Scoperta di geni correlati ai polifenoli di Tannat attraverso approcci omici

Data inizio
1 gennaio 2013
Durata (mesi) 
24
Dipartimenti
Biotecnologie
Responsabili (o referenti locali)
Delledonne Massimo
Parole chiave
JOINT PROJECT, GRAPEVINE GENOME, POLYPHENOLS, GENOME RESEQUENCING, TRANSCRIPTOME ANALYSIS, VITIS VINIFERA

OBIETTIVI
L’obiettivo del progetto é la caratterizzazione del genoma di Vitis vinifera cv Tannat per identificare le basi genetiche dell’elevato contenuto in polifenoli peculiare per questa varietà.

PROCEDIMENTO
Il sequenziamento del genoma di Tannat verrà realizzato sviluppando protocolli e metodi sia per la produzione di dati di sequenze, sia per la loro analisi, al fine di risolvere i problemi di assemblaggio dovuti alla presenza delle sequenze ripetute nei genomi complessi che oggi ci troviamo ad affrontare. Verranno pertanto prodotte sia librerie standard di DNA genomico costituite da frammenti di 400 e 600 bp, sia librerie “mate pair” costituite da frammenti di dimensioni da 5kb a 40kb che saranno sequenziate con la piattaforma Illumina HiSeq1000. I dati di sequenziamento saranno analizzati utilizzando un metodo combinato basato sia sull’assemblaggio de novo sia sulla mappatura ricorsiva delle sequenze sul genoma di riferimento, basato su un clone omozigote di Pinot noir. Il genoma di Tannat così ricostruito verrà confrontato con il genoma di riferimento per identificare SNP, indel e regioni private non presenti nel genoma di riferimento. In seguito verranno effettuate le analisi RNA-Seq su campioni di diversi tessuti della bacca per identificare i geni coinvolti nella biosintesi dei polifenoli durante lo sviluppo della bacca di vite.

RISULTATI
Il progetto consentirà di definire un’annotazione specifica del genoma di Tannat, sia per quanto riguarda la struttura dei geni condivisi con il genoma di riferimento e gli eventuali trascritti alternativi, sia per quanto riguarda eventuali geni espressi in regioni non annotate di Pinot. Il progetto permetterà inoltre di identificare eventuali geni privati della cultivar, in regioni del genoma non condivise con il riferimento, con particolare attenzione per quelli coinvolti nella biosintesi dei polifenoli, noti per la loro funzione protettiva dalle malattie cardiovascolari.

MAIN PARTNER
BMR Genomics

Enti finanziatori:

Finanziamento: assegnato e gestito dal Dipartimento

Partecipanti al progetto

Massimo Delledonne
Professore ordinario
Aree di ricerca coinvolte dal progetto
Viticoltura ed enologia
Genomics, comparative genomics, functional genomics

Attività

Strutture