Genomica e trascrittomica (2012/2013)

Corso disattivato

Codice insegnamento
4S02850
Docente
Massimo Delledonne
Coordinatore
Massimo Delledonne
crediti
6
Altri corsi di studio in cui è offerto
Settore disciplinare
BIO/18 - GENETICA
Lingua di erogazione
Italiano
Sede
VERONA
Periodo
I semestre dal 1-ott-2012 al 31-gen-2013.

Orario lezioni

Obiettivi formativi

OBIETTIVI
Il corso di Struttura e funzione dei genomi ha l'obiettivo di far acquisire allo studente conoscenze relative alla struttura dei genomi eucariotici e procariotici, e alle metodologie di analisi globale per lo studio di genomi e trascrittomi. Fornisce inoltre le informazioni relative alla replicazione ed evoluzione dei genomi, con particolare enfasi sui mecchanismi che ne regolano l’attività.


CONTENUTI
I progetti genoma: organizzazione e obiettivi del progetto genoma umano, genomi animali, vegetali e dei microrganismi. Mappatura, sequenziamento e assemblaggio dei genomi. Interpretazione delle sequenze genomiche e analisi globale dell’espressione genica. Anatomia dei genomi eucariotici, procariotici e virali. Funzionamento dei genomi e regolazione delle loro attività. Replicazione ed evoluzione dei genomi. Filogenetica molecolare

Programma

1 - Mappatura dei genomi (dispense)
Mappe genetiche e fisiche
Marcatori molecolari
Gene tagging
Tail PCR
AIMS

2 - Metodologie di analisi del trascrittoma (dispense)
cDNA
Northern blot
RT-PCR
Real Time RT PCR
Librerie cDNA
RACE (rapid amplification of cDNA ends)
Librerie sottrattive
Reverse Northern
Differential display / CDNA-AFLP
SAGE (Serial Analysis of Gene Expression)
EST e electronic northern
Microarray
RNA-Seq

3 - Epigenetica e regolazione dell’espressione genica (articoli)
Metilazione del DNA
Modificazione degli istoni
Metodologie di analisi della metilazione del DNA

4 - Metodologie di analisi del genoma (articoli)
Metodi di sequenziamento del DNA
Assemblaggio dei genomi
Localizzazione dei geni in una sequenza genomica
Determinazione della funzione dei singoli geni (in silico ed in vivo)
Forward and Reverse genetics
Genome wide association studies
Diagnostica molecolare (personal genomics)

5 - Struttura, funzione ed evoluzione dei genomi vegetali e animali (articoli)
Il genoma di Arabidopsis e il progetto 1001 genomi
Il genoma umano (IHGC, Celera e Roche/454) e il progetto 1000 genomi
Venter e il progetto “minimal genome”
Il progetto ENCODE
L'interpretazione del genoma umano (Ingenuity, Knome etc.)


Libro di testo consigliato: Genomi 3 EdiSES ISBN 978 88 7959 431 8
Materiale supplementare disponibile sul sito internet del docente: http://profs.sci.univr.it/delledonne/Insegnamenti/Index.html

Modalità d'esame

Scritto