Biotecnologie genetiche (2008/2009)

Corso a esaurimento

Codice insegnamento
4S00193
Crediti
5
Coordinatore
Massimo Delledonne
L'insegnamento è organizzato come segue:
Modulo Crediti Settore disciplinare Periodo Docenti
Teoria 4 AGR/07-GENETICA AGRARIA 2° Sem Massimo Delledonne
Laboratorio 1 AGR/07-GENETICA AGRARIA 2° Sem Massimo Delledonne

Obiettivi formativi

Modulo: Teoria
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Il corso si propone di fornire un’appropriata conoscenza delle tecniche e metodologie avanzate nell’ambito della ricerca e della diagnostica. In particolare il corso tratta i microarray di acidi nucleici, i marcatori molecolari e le tecniche di genotyping, i metodi molecolari avanzati per l’analisi dell’espressione genica, le tecniche avanzate di PCR applicate al clonaggio genico nell’era post-genomica.


Modulo: Laboratorio
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Il corso si propone di fornire un’appropriata conoscenza delle tecniche e metodologie avanzate nell’ambito della ricerca e della diagnostica. In particolare il corso tratta i nuovi metodi di clonaggio basati sull'impiego di ricombinasi, le tecniche avanzate di PCR e l'analisi microarray

Programma

Modulo: Teoria
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LA TECNOLOGIA GATEWAY
• Reazioni di ricombinazione BP e LR
• Gateway® Entry Vector
• Gateway® Destination Vector

MUTAGENESI
• Mutagenesi random
• Mutagenesi sitodiretta
QuikChange® Stratagene
Mutagenesi sitodiretta con ricombinazione in vivo
• Phage Display

CDNA
• Sintesi del cDNA
• Produzione di librerie cDNA
• cDNA Amplification Using One-Sided, Anchored, PCR (RACE)
Amplificazione di regioni a valle (3’) della sequenza conosciuta
Amplificazione di regioni a monte (5’) della sequenza conosciuta
Get the 5'-End: la NEW-RACE (RML-RACE)
SMART™ RACE

GENE TAGGING
• Transposon tagging
• T-DNA tagging
• Activation tagging
• Thermal Asymmetric Interlaced PCR
• Amplification of insertion mutagenised sites (AIMS) e transposon display

PCR
• Polimerasi alta fedeltà
• Competitive RT-PCR
• Real Time PCR
SYBR. Green I Dye Chemistry
TaqMan - Real-Time quantitative PCR
LUX Real-time or quantitative PCR
Molecular beacons
Scorpion probes

MARCATORI MOLECOLARI
• DNA marker basati sulla ripetizione di sequenze brevi
VNTR
Microsatelliti e Minisatelliti
• DNA marker basati su singoli polimorfismi
Single nucleotide polymorphism (SNP)
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Sequence-Characterized Amplified Region (SCAR)
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
• Vantaggi e svantaggi dei vari metodi di DNA fingerprinting
• High-throughput SNP genotyping
• Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

METODOLOGIE AVANZATE PER L’ANALISI DELL’ESPRESSIONE GENICA
• Librerie cDNA sotrattive
• PCR-Based Subtractive cDNA Cloning (PCR-Select)
• Differential Display
• Reverse northern
• AFLP-Based Transcript Profiling
• SAGE (Serial Analysis of Gene Expression)
• Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS)
• EST ed electronic northern
• Macroarray
• Microarray
Metodi di produzione
Metodi di marcatura delle sonde e ibridazione
Applicazioni
• Isolamento di RNA cellula-specifico mediante Laser-Capture Microdissection

METODI PER LO STUDIO DELLA FUNZIONE GENICA
• Forward e reverse genetics
• RNA antisenso
• Co-soppressione
• RNA interfeering
• Mutagenesi inserzionale
• Sovraespressione genica


Modulo: Laboratorio
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Preparazione di un costrutto genico mediante impiego della tecnologia Gateway
Impiego della Real Time PCR
Analisi Microarray

Modalità d'esame

Modulo: Teoria
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L'esame consiste in una valutazione orale del grado di preparazione dello studente sugli argomenti descritti nel programma del corso


Modulo: Laboratorio
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L'esame consiste in una valutazione orale del grado di preparazione dello studente sugli argomenti descritti nel programma del corso