Proteomica strutturale, funzionale e di espressione

L’attività di ricerca dell’area di PROTEOMICA STRUTTURALE e FUNZIONALE è rivolta allo studio della struttura/dinamica e funzione delle proteine, un passaggio fondamentale per la comprensione dei meccanismi e processi cellulari. In questo contesto le tematiche di ricerca si concentrano su aspetti che spaziano dall’enzimologia alla proteomica ed alla biologia strutturale, dalla biochimica delle proteine alla biofisica e alle biotecnologie. Le proteine di interesse sono ottenute in forma ricombinante avvalendosi delle tecnologie della biologia molecolare e della biochimica. La caratterizzazione delle proteine e del loro ruolo nella formazione di complessi proteina-proteina e proteina-ligando avviene utilizzando metodi cinetici e spettroscopici, combinati all’uso di ingegneria proteica, e attraverso la determinazione strutturale completa (raggi X ed NMR). La PROTEOMICA di ESPRESSIONE studia il livello di espressione delle proteine e le loro interazioni allo scopo di identificare e caratterizare biomarcatori di patologie umane, identificare proteine e peptidi da organismi di interesse agroalimentare e/o da prodotti di origine vegetale e microbica, sviluppare metodologie analitiche per analisi proteomiche avanzate. L'insieme di queste attività di ricerca trova applicazione in diversi ambiti dal biomedico al biotecnologico, con potenziali ricadute nel settore industriale, ambientale e delle scienze della vita.
Michael Assfalg
Professore ordinario
Alessandra Astegno
Professore associato
Matteo Ballottari
Professore ordinario
Stefano Capaldi
Professore associato
Daniela Cecconi
Professore associato
Paola Dominici
Professore ordinario
Mariapina D'Onofrio
Professore associato
Alejandro Giorgetti
Professore ordinario
Daniele Guardavaccaro
Professore ordinario
Massimiliano Perduca
Professore associato
Competenze
Argomento Persone Descrizione
Analytical chemistry (vedi classificazione  ERC )
Metodologie analitiche per analisi proteomiche Daniela Cecconi
Sviluppo e messa a punto di metodologie elettroforetiche, cromatografiche e di spettrometria di massa per analisi proteomiche
Applied genetic engineering, transgenic organisms, recombinant proteins, biosensors (vedi classificazione  ERC )
Proteine ricombinanti ed Ingegneria proteica Alessandra Astegno
Paola Dominici
Produzione di proteine ricombinanti in sistemi di espressione procariotici. Ingegnerizzazione proteica mediante mutagenesi razionale.
Biochemistry and molecular mechanisms of signal transduction (vedi classificazione  ERC )
Proteomica di espressione differenziale Daniela Cecconi
Identificazione di biomarcatori proteici e caratterizzazione dei meccanismi molecolari alterati in varie patologie umane, meccanismi molecolari di azione di nuovi agenti antitumorali
Biochemistry & Molecular Biology aderente allo standard  ISI
Molecular biology of the cell Daniele Guardavaccaro
Molecular mechanisms of cellular processes
Protein chemistry and Enzymology Matteo Ballottari
Comprensione delle relazioni struttura, dinamica e funzione di proteine, e dei meccanismi di funzionamento degli enzimi
Structural Molecular Biology Massimiliano Perduca
Studi di correlazione struttura-funzione di proteine mediante la diffrazione di raggi X, Surface Plasmon Resonance (SPR) e tecniche calorimetriche (ITC-DSC), incentrandosi su proteine che hanno la proprietà di legare piccole molecole idrofobiche.
Biological chemistry (vedi classificazione  ERC )
Chimica delle biomacromolecole Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Caratterizzazione strutturale di biomolecole, riconoscimento biomolecolare, interazioni proteina-ligando e nanoparticella-biomolecola. Applicazioni di spettroscopia NMR biomolecolare.
General biochemistry and metabolism aderente allo standard  ERC
Caratterizzazione biochimica di proteine ad attività enzimatica Alessandra Astegno
Meccanismi catalitici e regolatori di enzimi dipendenti dalla vitamina B6
Studio del rapporto struttura/funzione di enzimi Paola Dominici
Meccanismi catalitici e regolatori di enzimi piridossal-fosfato-dipendent
Bioinformatics aderente allo standard  ERC
Analisi genomiche e trascrittomiche di alghe unicellulari Matteo Ballottari
Analisi genomiche e trascrittomiche di microalghe unicellulari
Bioinformatics Alejandro Giorgetti
The main interests and the principal activities of the area include: protein modeling from sequence, in particular using comparative modeling techniques; protein structure analysis; protein sequence analysis; protein design; the development of tools aimed at the investigation and understanding of the relationship between protein sequence, structure and function, in particular in systems that include membrane proteins.
Molecular interactions aderente allo standard  ERC
Interazioni proteina-ligando Paola Dominici
Studio dei meccanismi molecolari della interazione di ligandi con proteine calcio-sensori ed eme- proteine
Interazioni proteina-ligando e nanoparticella-biomolecola Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Riconoscimento molecolare e caratterizzazione degli equilibri di associazione
Studio delle interazioni proteina-ligando Alessandra Astegno
Meccanismi molecolari della interazione di ligandi con proteine calcio-sensori ed emeproteine
Proteomics aderente allo standard  ERC
Chimica Analitica - Proteomica Daniela Cecconi
Questa area di ricerca prevede l’utilizzo delle tecniche della Proteomica per lo studio su grande scala delle proteine (in particolare delle loro regolazioni nel livello di espressione). L’analisi proteomica, la nuova frontiera della ricerca biologica e medica, è fondata essenzialmente sulle metodologie proprie della “chimica analitica”. Lo studio del proteoma, infatti, si basa sulla separazione e sulla successiva analisi qualitativa (identificazione) e quantitativa di popolazioni di analiti di natura proteica, ponendo al centro la metodologia di più rilevante impatto sulla moderna chimica analitica: la spettrometria di massa. In particolare nel laboratorio di Proteomica si effettuano purificazioni e prefrazionamento di estratti proteici (da campioni di origine umana, animale, vegetale e microbiologica), cromatografie, elettroforesi 2D, analisi delle immagini delle mappe 2D, western blot 2D, identificazioni di proteine tramite spettrometria di massa.
Spectroscopic and spectrometric techniques (vedi classificazione  ERC )
Spettroscopia NMR biomolecolare Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Esperimenti multinucleari, misure di rilassamento di spin, diffusione
Structural biology (crystallography and EM) aderente allo standard  ERC
Biologia Strutturale Stefano Capaldi
Studio della struttura tridimensionale e della relazione struttura-funzione di macromolecole biologiche mediante tecniche biofisiche, in particolare la cristallografia a raggi x
Gruppi di ricerca
Nome Descrizione URL
Biochimica Responsabile: prof.ssa Paola Dominici – Referente sicurezza: Alessandra Astegno
Biocristallografia e Nanostrutture
Bioinformatica applicata Responsabile: dott. Alejandro Giorgetti – Referente sicurezza: Alejandro Giorgetti
Biologia molecolare cellulare Studio dei meccanismi molecolari cellulari mediante un approccio interdisciplinare che comprende metodi biochimici, proteomici e di biologia cellulare
Laboratorio di Biosfruttamento dell'Energia Solare (SOLE-LAB) https://www.solelab.org/
Proteomica e spettrometria di massa Responsabile: prof.ssa Daniela Cecconi – Referente sicurezza: Daniela Cecconi
Spettroscopia NMR Indagini strutturali e dinamiche di biomolecole mediante spettroscopia di risonanza magnetica nucleare in alta risoluzione
Progetti
Titolo Responsabili Fonte finanziamento Data inizio Durata (mesi) 
Progetto d'eccellenza: Plasticità e degenerazione cellulare dalle molecole agli individui: meccanismi, ambiente e terapia Andrea Sbarbati, Corrado Barbui 01/01/23 60
Strategia innovativa per bloccare infezioni da coronavirus mediante specifica degradazione di proteine virali Mariapina D'Onofrio Intesa Sanpaolo 01/02/22 12
LYLAC Paola Dominici Joint Project 2019 - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/03/21 24
JP2019 - CYANOLESSINIA - Caratterizzazione dei cyanobatteri nelle grotte della Lessinia: catturare la luce in ambienti prossimi all'oscurità Stefano Capaldi Joint Project 2019 - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/12/20 12
Dispositivo indossabile per la rilevazione in tempo reale del SARS-Cov-2 (Covid-19) dal sudore e dalla saliva Alessandra Maria Bossi Regione Emilia Romagna 26/10/20 3
FYN-TAU - Studio strutturale di Fyn-Tau, un complesso macromolecolare chiave nella malattia di Alzheimer Francesca Munari Bando di ateneo per la ricerca di base 2019 - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/07/20 24
Study of pro-angiogenic pathways induced by human chorionic gonadotropin in primary testicular and gubernaculum cells Nicola Zampieri 01/03/20 36
Role of the Ubiquitin System in Adult Stem Cells Daniele Guardavaccaro Fondazione CARIVERONA - assegnato e gestito dal Dipartimento 15/02/20 36
Production and characterization of recombinant pathogenic variants of human ornithine aminotransferase associted with Gyrate atrophy of choroid and retina Riccardo Montioli 01/12/19 48
PRIN2017 - Regulatory signals and redox systems in plant growth-defence trade off Alessandra Astegno MIUR 29/08/19 36
Struttura Cristallografica e caratterizzazione funzionale del recettore GPR17: un bersaglio innovativo per terapie di rimielinizzazione nella Sclerosi Multipla Stefano Capaldi FISM - Fondazione Italiana Sclerosi Multipla - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/02/19 35
JP2017 - Spray bioattivo per il trattamento dei disordini della pelle Daniela Cecconi Joint Project 2017 - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/12/17 24
NIP - Nuovo Piano Industriale del Lattiero-Caseario Veneto Daniela Cecconi Regione del Veneto 06/11/17 32
Role of polyubiquitination in Alzheimer’s disease Mariapina D'Onofrio Alzheimer's Association 01/11/17 36
JP2016 - Miglioramento dell'aroma dei vini mediante evoluzione diretta di enzimi di lieviti non-Saccharomyces Paola Dominici Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/06/17 24
JP2016 - Dinamiche della metilazione del DNA e loro contributo durante il processo di maturazione della bacca di vite. Silvia Dal Santo Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/03/17 2
JP2016 - Produzione industriale di Omega-3 e carotenoidi tramite coltivazione di microalghe Matteo Ballottari Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/03/17 24
JP2016 - Modulazione della funzionalità di adipociti e fibroblasti nella lipodistrofia della pelle (cellulite) da parte di dicaffeoilchinnici di estrazione vegetale. Acronimo CAFLiDy C(rosstalk) A(dipocytes) F(ibroblasts) Li(po) Dy(strophy) - Adipocyte-Fibroblast crosstalk modulation by natural dicaffeoylquinic acids in skin lipodystrophy Marta Vittoria Menegazzi I.R.B. Istituto di Ricerche Biotecnologiche S.p.A. 01/01/17 24
JP2015 - Effetti epigenetici della biofortificazione con folati e microelementi in piante ad uso alimentare Simonetta Friso Joint Projects - assegnato e gestito da un ente esterno all'ateneo 01/02/16 24
JP2015 - Biocompatibile e biodegradabile PLGA Astaxanthine contenente nanoparticelle per il mercato farmaceutico e cosmetico Massimiliano Perduca Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/01/16 24
JP2015 - Ingegnerizzazione di un enzima bifunzionale per la determinazione delle amine biogene. Alessandra Astegno Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/01/16 24
JP2014 - Un approccio integrativo alla caratterizzazione alla risposta del bacco d'uva ad alterazioni del bilanciamento della sorgente Silvia Dal Santo Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/02/15 24
Enzimi PLP-dipendenti come target di molecole ad azione antimicrobica e chemioterapica Alessandra Astegno 01/01/15 48
Studi strutturali e funzionali sulle calmoduline e calmodulin-like proteins di Arabidopsis Alessandra Astegno 01/01/15 48
JP2014 - Produzione di chewing-gum contenenti probiotici: purificazione e caratterizzazione delle batteriocine di Lactobacillus salivarius Daniela Cecconi Joint Project 2014 - assegnato e gestito dal Dipartimento 23/10/14 24
FP7/2007-2013 - Utility of omic-based biomarkers in characterizing older individuals at risk for frailty, its progression to disability and general consequences to health and well-being - The FRAILOMIC Initiative Giuseppe Lippi 01/01/13 60
JP2012 - Attività BIOsintetica del Trophectoderm: nuovi strumenti per la selezione degli embrioni Tecniche nella fecondazione in vitro Barbara Cellini Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/01/13 24
JP2012 - Composti naturali contro la resistenza tumorale in ambiente ipossico:. HIF-1alfa e GSH come due bersagli farmacologici. Sofia Giovanna Mariotto Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/01/13 24
JP2012 - Mixotrophic production of microalgae biomass Matteo Ballottari Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 01/01/13 12
A combined biochemical and cell biology approach to improve the pharmacological treatment of PH1: from pyridoxine derivatives to proteostasis regulators Barbara Cellini 01/10/12 30
Anti-STAT3 and -NF-kB phytocompounds against glioma Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 25/05/10 24
Biochemical study of the modulation of JAK/STAT pathway by sesquiterpenes from Artemisia Sofia Giovanna Mariotto PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 25/05/10 24
Nuovi approcci per la cura della fibrosi cistica mediante terapia genica e cellulare Donato Zipeto Regione Veneto 09/04/10 24
Purificazione, studi strutturali e di interazione con ligandi di due nuove lectine con attività antitumorale: ADL (Arundo Donax Lectin) e POL (Pleurotus Ostreatus Lectin) Massimiliano Perduca Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 19/03/10 24
Un approccio integrato allo studio di struttura e funzione della lipocalina 15 umana e del ruolo da essa svolto, in condizioni normali e patologiche. Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 19/03/10 24
Analysis of the interaction between HLA-C and HIV-1 Env Donato Zipeto Unione Europea 01/01/10 24
Caratterizzazione strutturale e funzionale della prostaglandina D sintetasi umana (beta trace). Ugo Luigi Monaco Fondazione Cariverona 01/05/09 24
Natural and modified flavonoids and terpens in phyto-chemio-prevention and treatment. Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 09/02/09 24
Purificazione, cristallizzazione e studi di diffrazione di raggi X di una lectina con attività antitumorale da rizomi di Arundo donax: ADL (Arundo Donax Lectin) Massimiliano Perduca Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 04/12/08 24
Studi strutturali su due isoforme della proteina muscleblind-like 1 umana Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 04/12/08 24
AGGREGAZIONE DI RIBONUCLEASI DI TIPO PANCREATICO: DALL'RNAsi A ALL'ANGIOGENINA. IMPLICAZIONI NELL'INSORGENZA DELLA SCLEROSI LATERALE AMIOTROFICA (SLA). Giovanni Gotte PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 01/12/08 24
Biosintesi della D-serina: caratteristiche molecolari e proprietà funzionali della serina racemasi da mammifero Mariarita Bertoldi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 01/01/08 24
Structural and functional biology of proteins involved in ligand transport and cellular activity regulation Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 18/09/07 24
European Vaccines and Microbicides Enterprise (EUROPRISE) Donato Zipeto Unione Europea 01/01/07 60
Molecular mechanism of anti-inflammatory action of plant compounds: in vitro and in vivo study Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 01/01/07 24
RUOLO DI PARP-1 NELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE IN PROCESSI INFIAMMATORI ASSOCIATI ALL'ASMA. (2007) Marta Vittoria Menegazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 01/01/07 24
Azione concertata italiana per lo sviluppo di un vaccino contro HIV-AIDS (ICAV) Donato Zipeto ISS Istituto Superiore di Sanità 11/09/06 18
INFIAMMAZIONE ED AUTOIMMUNITA' CYTOMEGALOVIRUS-MEDIATA IN CORSO DI ARTERIOSCLEROSI CORONARICA: UN APPROCCIO INTEGRATO, CLINICO E PROTEO-GENOMICO, PER IL DESIGN DI NUOVE STRATEGIE DIAGNOSTICHE E TERAPEUTICHE. Oliviero Olivieri PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 01/06/06 24
Biologia strutturale e funzionale di proteine coinvolte nel trasporto di ligandi e nella regolazione dell'attività cellulare Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 24/03/06 24
Epigenetic effects of chronic alcohol consumption on colonic mucosa Simonetta Friso National Institues of Health (NIH) - richiesto 09/03/06 36
Induzione di anticorpi neutralizzanti ad ampio spettro contro il virus dell'immunodeficienza umana (HIV) per lo sviluppo di un vaccino contro l'AIDS. Donato Zipeto Fondazione Cariverona 17/01/06 24
RUOLO DI PARP-1 NELLA REGOLAZIONE DELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE NELL'ASMA ALLERGICO. Marta Vittoria Menegazzi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 01/01/06 24
Emoglobine vegetali esacoordinate: ruolo dei residui distali della tasca di legame dell'eme Paola Dominici Ateneo 01/10/05 12
Il riconoscimento molecolare nelle interazioni proteina-ligando, proteina-proteina e proteina superficie: sviluppo di approcci sperimentali e computazionali integrati per lo studio di sistemi di interesse farmaceutico Ugo Luigi Monaco Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca, MIUR - FIRB 12/09/05 48
Ruolo delle Lipid Transfer Protein come proteine di difesa: attività antimicrobica e ruolo dell scambio lipidico Massimo Crimi Ateneo 01/09/05 12
Determinazione strutturale del mutante della Transtiretina (TTR F64L) Massimiliano Perduca Ateneo 10/01/05 36
Caratterizzazione strutturale della proteina 14-3-3 gamma umana Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 07/01/05 36
Studi strutturali su proteine che legano molecole idrofobiche Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 30/11/04 24
Vaccine development and selection Donato Zipeto ISS Istituto Superiore di Sanità 24/11/04 15
Regolazione genetica ed epigenetica dell'espressione di geni della coagulazione: effetti funzionali sulla via del FVII-TF e conseguenze sul rischio di malattia arteriosa coronarica Oliviero Olivieri MIUR - PRIN 30/09/04 24
Studi strutturali e funzionali sulle emoglobine di Arabidopsis Paola Dominici Ateneo 01/09/04 12
Lipid transfer proteins e membrane biologiche: studi sulle interazioni dirette e mediate da lipidi o proteine di membrana Massimo Crimi Ateneo 01/07/04 12
Studi di diffrazione di raggi X su lectine con importanti proprietà farmaceutiche isolate da funghi commestibili. (continuazione, anno 2004) Ugo Luigi Monaco Ateneo 07/01/04 36
Indagini sul meccanismo di formazione degli oligomeri della ribonucleasi A e sulle loro attività biologiche Massimo Libonati Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 01/01/04 24
RUOLO DI PARP-1 NELLA REGOLAZIONE DELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE NELL'ASMA ALLERGICO. (2004) Marta Vittoria Menegazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 01/01/04 24

Attività

Strutture

Condividi