Per analizzare le fasi precoci dello sviluppo del frutto di pomodoro è una stata condotta un’analisi comparitiva del trascrittoma delle gemme fiorali (diametro 0.5 cm) di piante di pomodoro da industria (cv UC82) wt e piante di pomodoro UC82 partenocarpiche (piante in cui il frutto si sviluppa in assenza di fecondazione) . La partenocarpia è stata ottenuta tramite trasformazione delle piante di pomodoro con il gene DefH9iaaM o con il suo gene derivato DefH9-RI-iaaM. Entrambi i geni causano un aumento della sintesi dell’auxina nell’ovulo, nella placenta e nei tessuti da questi derivati. La differenza tra i due geni consiste nel fatto che il gene derivato, cioè DefH9-RI-iaaM, è stato modificato nella regione 5’trascritta e non tradotta in modo da diminuirne la traduzione. Pertanto i due transgeni hanno permesso di ottenere piante di pomodoro da industria con una diversa espressività del tratto partenocarpia e con diversi livelli di contenuto di auxina nelle gemme fiorali. L’analisi del trascrittoma è stata condotta in una prima fase utilizzando la tecnica del cDNA-AFLP (amplified fragment length polymorfism) confrontando la popolazione dei trascritti isolati da gemme fiorali di piante wt e da gemme fiorali di piante trasformate sia con il gene DefH9-iaaM che con il gene derivato DefH9-RI-iaaM. I trascritti ( circa 120) che sono risultati differenzialmente espressi sia in piante trasformate con DefH9-iaaM che in piante trasformate con il gene derivato DefH9-RI-iaaM sono stati clonati in un opportuno vettore e sequenziati. Il progetto di ricerca ha come obiettivo quello di validare i pattern di espressione ottenuti per cDNA AFLP utilizzando RNA estratto da gemme fiorali di linee partenocarpiche diverse da quelle usate per l’analisi cDNA-AFLP e impiegando una diversa tecnica di misura dell’espressione genica , la Real time-RT-PCR.
La RealTime RT-PCR è una tecnica che permette l’analisi quantitativa (assoluta o relativa) dei trascritti dopo amplificazione dei cDNA con primers specifici. Sulla base della sequenza dei cloni cDNA-AFLP, verranno disegnate coppie di primers specifici per ciascuno dei trascritti differenzialmente espressi. I dati di espressione genica che verranno ottenuti per real-time RT-PCR saranno normalizzati contro l’espressione di un gene costitutivamente espresso (actina).
