Il presente progetto è la continuazione dello studio svolto nel corso del 2004 il cui scopo era la validazione del pattern di espressione di alcuni trascritti identificati per cDNA-AFLP e risultati differenzialmente espressi in gemme fiorali (0.5 cm di lunghezza) di pomodori partenocarpici, transgenici per il gene DefH9-iaaM. Per la validazione dei pattern di espressione è stata utilizzata un' altra linea (DeFH9-iaaM #1) partenocarpica diversa da quelle analizzate per cDNA-AFLP.
L'analisi Real-Time RT-PCR ha portato alla identificazione di 27 geni che mostrano in tutte le linee partenocarpiche analizzate lo stesso pattern di espressione. Di questi 27 trascritti, 4 non presentano omologia con le sequenze presenti nei databases di EST e pertanto risultano trascritti per la prima volta identificati. Inoltre, a 13 di questi trascritti non è stato possibile assegnare alcuna funzione putativa.
Il progetto di ricerca ha come scopi 1) validare il pattern di espressione di alcuni dei 27 geni in pomodori partenocarpici ottenuti per trasformazione genetica di cultivars diverse dalla UC82 (ad. esempio la cultivar L276) ; 2) studiare il pattern di espressione di alcuni di questi geni in diverse fasi dello sviluppo dell'ovario e del frutto sia in pomodori wt che in pomodori partenocarpici trasformati con il gene DefH9-iaaM.
Per quanto riguarda il primo obiettivo del progetto, verranno selezionate alcune linee partenocarpiche indipendenti ottenute trasformando piante di pomodoro della cultivar L276 con il gene DefH9-RI-iaaM. Lo stato transgenico di linee partenocarpiche indipendenti verrà determinato tramite analisi southern. Il pattern di espressione di alcuni dei 27 geni verrà studiato per analisi Northern, utilizzando RNA totale estratto da gemme fiorali di 0.5 cm di lunghezza. L'analisi quantitativa verrà condotta tramite densitometria, normalizzando il livello di mRNA dei geni analizzati rispetto al livello di mRNA del gene per l'actina.
Per il secondo obiettivo del progetto verranno scelti alcuni dei 27 geni individuati , includendo sia geni di cui è nota l'attività biologia sia trascritti a cui non è stato possibile assegnare alcuna putativa funzione. Il loro pattern di espressione verrà studiato a diversi stadi di sviluppo dell'ovario e del frutto: in gemme fiorali prima dell'apertura del fiore (antesi), in fiori ad antesi e in frutti di 2 cm di lunghezza sia in piante di pomodoro UC82 wt che in piante partenocarpiche transgeniche per il gene DefH9-iaaM. Gli mRNA verranno evidenziati per analisi Northern e la quantificazione del livello di trascritti verrà effettuata come descritto per il primo punto del progetto.
La ricerca ha lo scopo di verificare se nelle piante partenocarpiche il programma genetico che dà inizio alla formazione e allo sviluppo del frutto venga precocemente (prima dell'antesi) attivato. Inoltre i geni che risulteranno essere espressi precocemente durante lo sviluppo dei frutti partenocarpici rappresentano buoni candidati per una successiva analisi funzionale allo scopo di individuare geni che influenzano la crescita e lo sviluppo del frutto di pomodoro.
