Structural , functional and expression proteomics

Research activity in STRUCTURAL AND FUNCTIONAL PROTEOMICS is aimed at study of the structure/dynamics and function of proteins, a fundamental step in understanding cellular mechanisms and processes. In this regard, research themes are focused on aspects that range from enzymology to proteomics to structural biology, from protein biochemistry to biotechnology. The proteins of interest are obtained in a recombinant form using techniques that utilise molecular biology and biochemistry. The characterisation of proteins and their role in the formation of protein-protein and protein-ligand complexes is carried out with kinetic and spectroscopic methods combined with protein engineering and complete structural determination (X-ray and NMR). EXPRESSION PROTEOMICS studies the level of expression of proteins and their interactions with the aim of identification and characterization of biomarkers and the ranged molecular mechanisms of human pathologies and identify proteins and peptides from organisms of agrifood interest and/or those of plant or microbial origin. The overall aim is to develop analytical methods for advanced proteomic analyses. The study of level of expression of proteins is performed by mass spectrometry, electrophoretic and chromatographic techniques, and bioinformatics. Taken together, these research activities can be applied in a variety of biomedical and biotechnological applications with potential industrial, environmental and biomedical uses.
Michael Assfalg
Full Professor
Alessandra Astegno
Associate Professor
Matteo Ballottari
Full Professor
Stefano Capaldi
Associate Professor
Daniela Cecconi
Associate Professor
Paola Dominici
Full Professor
Mariapina D'Onofrio
Associate Professor
Alejandro Giorgetti
Full Professor
Daniele Guardavaccaro
Full Professor
Massimiliano Perduca
Associate Professor
Research interests
Topic People Description
Analytical chemistry (see  ERC classification)
Metodologie analitiche per analisi proteomiche Daniela Cecconi
Sviluppo e messa a punto di metodologie elettroforetiche, cromatografiche e di spettrometria di massa per analisi proteomiche
Applied genetic engineering, transgenic organisms, recombinant proteins, biosensors (see  ERC classification)
Proteine ricombinanti ed Ingegneria proteica Alessandra Astegno
Paola Dominici
Produzione di proteine ricombinanti in sistemi di espressione procariotici. Ingegnerizzazione proteica mediante mutagenesi razionale.
Biochemistry and molecular mechanisms of signal transduction (see  ERC classification)
Proteomica di espressione differenziale Daniela Cecconi
Identificazione di biomarcatori proteici e caratterizzazione dei meccanismi molecolari alterati in varie patologie umane, meccanismi molecolari di azione di nuovi agenti antitumorali
Biochemistry & Molecular Biology standard compliant  ISI
Molecular biology of the cell Daniele Guardavaccaro
Molecular mechanisms of cellular processes
Protein chemistry and Enzymology Matteo Ballottari
Comprensione delle relazioni struttura, dinamica e funzione di proteine, e dei meccanismi di funzionamento degli enzimi
Structural Molecular Biology Massimiliano Perduca
Studi di correlazione struttura-funzione di proteine mediante la diffrazione di raggi X, Surface Plasmon Resonance (SPR) e tecniche calorimetriche (ITC-DSC), incentrandosi su proteine che hanno la proprietà di legare piccole molecole idrofobiche.
Biological chemistry (see  ERC classification)
Chemistry of biomacromolecules Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
General biochemistry and metabolism standard compliant  ERC
Caratterizzazione biochimica di proteine ad attività enzimatica Alessandra Astegno
Meccanismi catalitici e regolatori di enzimi dipendenti dalla vitamina B6
Studio del rapporto struttura/funzione di enzimi Paola Dominici
Meccanismi catalitici e regolatori di enzimi piridossal-fosfato-dipendent
Bioinformatics standard compliant  ERC
Genomic and transcriptomic analyzes of unicellular algae Matteo Ballottari
Genomic and transcriptomic analyzes of unicellular algae
Bioinformatics Alejandro Giorgetti
The main interests and the principal activities of the area include: protein modeling from sequence, in particular using comparative modeling techniques; protein structure analysis; protein sequence analysis; protein design; the development of tools aimed at the investigation and understanding of the relationship between protein sequence, structure and function, in particular in systems that include membrane proteins.
Molecular interactions standard compliant  ERC
Interazioni proteina-ligando Paola Dominici
Studio dei meccanismi molecolari della interazione di ligandi con proteine calcio-sensori ed eme- proteine
Interazioni proteina-ligando e nanoparticella-biomolecola Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Riconoscimento molecolare e caratterizzazione degli equilibri di associazione
Studio delle interazioni proteina-ligando Alessandra Astegno
Meccanismi molecolari della interazione di ligandi con proteine calcio-sensori ed emeproteine
Proteomics standard compliant  ERC
Chimica Analitica - Proteomica Daniela Cecconi
Questa area di ricerca prevede l’utilizzo delle tecniche della Proteomica per lo studio su grande scala delle proteine (in particolare delle loro regolazioni nel livello di espressione). L’analisi proteomica, la nuova frontiera della ricerca biologica e medica, è fondata essenzialmente sulle metodologie proprie della “chimica analitica”. Lo studio del proteoma, infatti, si basa sulla separazione e sulla successiva analisi qualitativa (identificazione) e quantitativa di popolazioni di analiti di natura proteica, ponendo al centro la metodologia di più rilevante impatto sulla moderna chimica analitica: la spettrometria di massa. In particolare nel laboratorio di Proteomica si effettuano purificazioni e prefrazionamento di estratti proteici (da campioni di origine umana, animale, vegetale e microbiologica), cromatografie, elettroforesi 2D, analisi delle immagini delle mappe 2D, western blot 2D, identificazioni di proteine tramite spettrometria di massa.
Spectroscopic and spectrometric techniques (see  ERC classification)
Spettroscopia NMR biomolecolare Michael Assfalg
Mariapina D'Onofrio
Esperimenti multinucleari, misure di rilassamento di spin, diffusione
Structural biology (crystallography and EM) standard compliant  ERC
Structural Biology Stefano Capaldi
Gruppi di ricerca
Name Description URL
Biochimica Responsabile: prof.ssa Paola Dominici – Referente sicurezza: Alessandra Astegno
Biocristallografia e Nanostrutture
Bioinformatica applicata Responsabile: dott. Alejandro Giorgetti – Referente sicurezza: Alejandro Giorgetti
Biologia molecolare cellulare Studio dei meccanismi molecolari cellulari mediante un approccio interdisciplinare che comprende metodi biochimici, proteomici e di biologia cellulare
Laboratorio di Biosfruttamento dell'Energia Solare (SOLE-LAB) https://www.solelab.org/
Proteomica e spettrometria di massa Responsabile: prof.ssa Daniela Cecconi – Referente sicurezza: Daniela Cecconi
Spettroscopia NMR Indagini strutturali e dinamiche di biomolecole mediante spettroscopia di risonanza magnetica nucleare in alta risoluzione
Projects
Title Managers Sponsors Starting date Duration (months)
Progetto d'eccellenza: Plasticità e degenerazione cellulare dalle molecole agli individui: meccanismi, ambiente e terapia Andrea Sbarbati, Corrado Barbui 1/1/23 60
Strategia innovativa per bloccare infezioni da coronavirus mediante specifica degradazione di proteine virali Mariapina D'Onofrio Intesa Sanpaolo 2/1/22 12
LYLAC Paola Dominici Joint Project 2019 - assegnato e gestito dal Dipartimento 3/1/21 24
Investigation of cyanobacteria in Lessinia caves: capturing the light in near-dark environments Stefano Capaldi Joint Project 2019 - assegnato e gestito dal Dipartimento 12/1/20 12
Dispositivo indossabile per la rilevazione in tempo reale del SARS-Cov-2 (Covid-19) dal sudore e dalla saliva Alessandra Maria Bossi Regione Emilia Romagna 10/26/20 3
FYN-TAU - Studio strutturale di Fyn-Tau, un complesso macromolecolare chiave nella malattia di Alzheimer Francesca Munari Bando di ateneo per la ricerca di base 2019 - assegnato e gestito dal Dipartimento 7/1/20 24
Study of pro-angiogenic pathways induced by human chorionic gonadotropin in primary testicular and gubernaculum cells Nicola Zampieri 3/1/20 36
Role of the Ubiquitin System in Adult Stem Cells Daniele Guardavaccaro Fondazione CARIVERONA - assegnato e gestito dal Dipartimento 2/15/20 36
Production and characterization of recombinant pathogenic variants of human ornithine aminotransferase associted with Gyrate atrophy of choroid and retina Riccardo Montioli 12/1/19 48
PRIN2017 - Regulatory signals and redox systems in plant growth-defence trade off Alessandra Astegno MIUR 8/29/19 36
Struttura Cristallografica e caratterizzazione funzionale del recettore GPR17: un bersaglio innovativo per terapie di rimielinizzazione nella Sclerosi Multipla Stefano Capaldi FISM - Fondazione Italiana Sclerosi Multipla - assegnato e gestito dal Dipartimento 2/1/19 35
Medicated bioactive spray for skin healing Daniela Cecconi Joint Project 2017 - assegnato e gestito dal Dipartimento 12/1/17 24
NIP - Nuovo Piano Industriale del Lattiero-Caseario Veneto Daniela Cecconi Regione del Veneto 11/6/17 32
Role of polyubiquitination in Alzheimer’s disease Mariapina D'Onofrio Alzheimer's Association 11/1/17 36
Improving wine aroma complexity by directed evolution of non-Saccharomyces yeast enzymes Paola Dominici Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 6/1/17 24
DNA methylation landscape variations and relations to grape fruit ripening. Silvia Dal Santo Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 3/1/17 2
Industrial production of Omega3 and carotenoids by microalgae cultivation Matteo Ballottari Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 3/1/17 24
Adipocyte-Fibroblast crosstalk modulation by natural dicaffeoylquinic acids in skin lipodystrophy. Marta Vittoria Menegazzi I.R.B. Istituto di Ricerche Biotecnologiche S.p.A. 1/1/17 24
Epigenetic effects of biofortification with folate and microelements in food plants Simonetta Friso Joint Projects - assegnato e gestito da un ente esterno all'ateneo 2/1/16 24
Biocompatible and biodegradable PLGA Astaxanthine containing nanoparticles for the pharmaceutic and cosmetic market Massimiliano Perduca Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 1/1/16 24
Engineering a fusion enzyme for determination of bioactive amines Alessandra Astegno Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 1/1/16 24
An integrative approach towards the characterization of grape berry response to source/sink balance alteration. Silvia Dal Santo Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 2/1/15 24
Enzimi PLP-dipendenti come target di molecole ad azione antimicrobica e chemioterapica Alessandra Astegno 1/1/15 48
Studi strutturali e funzionali sulle calmoduline e calmodulin-like proteins di Arabidopsis Alessandra Astegno 1/1/15 48
Probiotic-containing chewing-gum production: purification and characterization of bacteriocins of Lactobacillus salivarius Daniela Cecconi Joint Project 2014 - assegnato e gestito dal Dipartimento 10/23/14 24
FP7/2007-2013 - Utility of omic-based biomarkers in characterizing older individuals at risk for frailty, its progression to disability and general consequences to health and well-being - The FRAILOMIC Initiative Giuseppe Lippi 1/1/13 60
BIOsynthetic Activity of Trophectoderm: new Tools for embryo selection Techniques IN in vitro fertilization Barbara Cellini Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 1/1/13 24
Natural compounds against tumor resistance in hypoxic environment:. HIF-1alfa and GSH as two drugable targets. Sofia Giovanna Mariotto Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 1/1/13 24
Engineering volatile thiol release for improved wine aroma: Directed evolution of yeast cystathionine ß-lyase Matteo Ballottari Joint Projects - assegnato e gestito dal Dipartimento 1/1/13 12
A combined biochemical and cell biology approach to improve the pharmacological treatment of PH1: from pyridoxine derivatives to proteostasis regulators Barbara Cellini 10/1/12 30
Anti-STAT3 and -NF-kB phytocompounds against glioma Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 5/25/10 24
Biochemical study of the modulation of JAK/STAT pathway by sesquiterpenes from Artemisia Sofia Giovanna Mariotto PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 5/25/10 24
Nuovi approcci per la cura della fibrosi cistica mediante terapia genica e cellulare Donato Zipeto Regione Veneto 4/9/10 24
Purificazione, studi strutturali e di interazione con ligandi di due nuove lectine con attività antitumorale: ADL (Arundo Donax Lectin) e POL (Pleurotus Ostreatus Lectin) Massimiliano Perduca Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 3/19/10 24
Un approccio integrato allo studio di struttura e funzione della lipocalina 15 umana e del ruolo da essa svolto, in condizioni normali e patologiche. Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 3/19/10 24
Analysis of the interaction between HLA-C and HIV-1 Env Donato Zipeto Unione Europea 1/1/10 24
Caratterizzazione strutturale e funzionale della prostaglandina D sintetasi umana (beta trace). Ugo Luigi Monaco Fondazione Cariverona 5/1/09 24
Natural and modified flavonoids and terpens in phyto-chemio-prevention and treatment. Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 2/9/09 24
Purificazione, cristallizzazione e studi di diffrazione di raggi X di una lectina con attività antitumorale da rizomi di Arundo donax: ADL (Arundo Donax Lectin) Massimiliano Perduca Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 12/4/08 24
Studi strutturali su due isoforme della proteina muscleblind-like 1 umana Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 12/4/08 24
AGGREGAZIONE DI RIBONUCLEASI DI TIPO PANCREATICO: DALL'RNAsi A ALL'ANGIOGENINA. IMPLICAZIONI NELL'INSORGENZA DELLA SCLEROSI LATERALE AMIOTROFICA (SLA). Giovanni Gotte PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 12/1/08 24
Biosintesi della D-serina: caratteristiche molecolari e proprietà funzionali della serina racemasi da mammifero Mariarita Bertoldi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/1/08 24
Structural and functional biology of proteins involved in ligand transport and cellular activity regulation Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 9/18/07 24
European Vaccines and Microbicides Enterprise (EUROPRISE) Donato Zipeto Unione Europea 1/1/07 60
Molecular mechanism of anti-inflammatory action of plant compounds: in vitro and in vivo study Hisanori Suzuki PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/1/07 24
RUOLO DI PARP-1 NELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE IN PROCESSI INFIAMMATORI ASSOCIATI ALL'ASMA. (2007) Marta Vittoria Menegazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 1/1/07 24
Azione concertata italiana per lo sviluppo di un vaccino contro HIV-AIDS (ICAV) Donato Zipeto ISS Istituto Superiore di Sanità 9/11/06 18
INFIAMMAZIONE ED AUTOIMMUNITA' CYTOMEGALOVIRUS-MEDIATA IN CORSO DI ARTERIOSCLEROSI CORONARICA: UN APPROCCIO INTEGRATO, CLINICO E PROTEO-GENOMICO, PER IL DESIGN DI NUOVE STRATEGIE DIAGNOSTICHE E TERAPEUTICHE. Oliviero Olivieri PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 6/1/06 24
Biologia strutturale e funzionale di proteine coinvolte nel trasporto di ligandi e nella regolazione dell'attività cellulare Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 3/24/06 24
Epigenetic effects of chronic alcohol consumption on colonic mucosa Simonetta Friso National Institues of Health (NIH) - richiesto 3/9/06 36
Induzione di anticorpi neutralizzanti ad ampio spettro contro il virus dell'immunodeficienza umana (HIV) per lo sviluppo di un vaccino contro l'AIDS. Donato Zipeto Fondazione Cariverona 1/17/06 24
RUOLO DI PARP-1 NELLA REGOLAZIONE DELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE NELL'ASMA ALLERGICO. Marta Vittoria Menegazzi PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/1/06 24
Emoglobine vegetali esacoordinate: ruolo dei residui distali della tasca di legame dell'eme Paola Dominici Ateneo 10/1/05 12
Molecular recognition in protein-ligand, protein-protein and protein-surface interactions: development of integrated experimental and computational approaches to the study of systems of pharmaceutical interest Ugo Luigi Monaco Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca, MIUR - FIRB 9/12/05 48
Ruolo delle Lipid Transfer Protein come proteine di difesa: attività antimicrobica e ruolo dell scambio lipidico Massimo Crimi Ateneo 9/1/05 12
Determinazione strutturale del mutante della Transtiretina (TTR F64L) Massimiliano Perduca Ateneo 1/10/05 36
Caratterizzazione strutturale della proteina 14-3-3 gamma umana Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 1/7/05 36
Studi strutturali su proteine che legano molecole idrofobiche Ugo Luigi Monaco PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE 11/30/04 24
Vaccine development and selection Donato Zipeto ISS Istituto Superiore di Sanità 11/24/04 15
Regolazione genetica ed epigenetica dell'espressione di geni della coagulazione: effetti funzionali sulla via del FVII-TF e conseguenze sul rischio di malattia arteriosa coronarica Oliviero Olivieri MIUR - PRIN 9/30/04 24
Studi strutturali e funzionali sulle emoglobine di Arabidopsis Paola Dominici Ateneo 9/1/04 12
Lipid transfer proteins e membrane biologiche: studi sulle interazioni dirette e mediate da lipidi o proteine di membrana Massimo Crimi Ateneo 7/1/04 12
Studi di diffrazione di raggi X su lectine con importanti proprietà farmaceutiche isolate da funghi commestibili. (continuazione, anno 2004) Ugo Luigi Monaco Ateneo 1/7/04 36
Indagini sul meccanismo di formazione degli oligomeri della ribonucleasi A e sulle loro attività biologiche Massimo Libonati Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 1/1/04 24
RUOLO DI PARP-1 NELLA REGOLAZIONE DELLE VIE DI TRASDUZIONE DEL SEGNALE ATTIVATE NELL'ASMA ALLERGICO. (2004) Marta Vittoria Menegazzi Ministero dell'Istruzione dell'Università e della Ricerca 1/1/04 24

Activities

Research facilities

Share