Proteomica - Teoria (2006/2007)

Obiettivi formativi

Tale corso è a livello avanzato ed ha lo scopo di fornire agli studenti le cognizioni più recenti ed aggiornate nel campo della scienza dell'analisi del proteoma, che oggi rappresenta una delle tecniche più avanzate tra tutte le scienze biologiche/biomediche

1. Introduzione. Definizioni e tipi di analisi proteomica.
2. Metodiche cromatografiche bi- o multi-dimensionali nell’analisi del proteoma. Multidimensional protein idenfication technology (MudPIT) e MultiDimensional Liquid Chromatography (MDLC).
3. Metodiche elettroforetiche. Isoelettrofocalizzazione (IEF) e SDS elettroforesi su gel di poliacrilammide (SDS-PAGE). Mappe 2D.
4. La preparazione del campione nell’analisi proteomica.
5. Il pre-frazionamento per l’analisi proteomica di proteine poco abbondanti.
6. Acquisizione e analisi di immagini di mappe 2D: PDQuest ed altri softwares.
7. La spettrometria di massa nell’analisi delle proteoma.
8. La spettrometria di massa/massa nell’analisi delle proteoma (Q-Tof, TripleQ, TOF/TOF, FT-ICR, IonTrap e MALDI PSD MS).
9. Programmi per la ricerca in Banche Dati e Banche Dati (proteiche/genetiche) utilizzate per l’identificazione delle proteine.
10. La proteomica quantitativa: Fluorescent Dyes (DIGE); labelling isotopico metabolico (SILAC), chimico (ICAT, iTRAQ, AQUA, acrilammide d0/d3), enzimatico (H218O/ H216O); quantificazione labelling-free (SELDI-MS).
11. Caratterizzazione delle modificazioni post-traduzionali delle proteine (IMAC; immunoprecipitazione; biotin-switch).
12. Applicazioni dell’analisi proteomica.

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