Scienze omiche - MODULO II (2017/2018)



Codice insegnamento
4S003719
Crediti
6
Settore disciplinare
CHIM/01 - CHIMICA ANALITICA
Lingua di erogazione
Italiano
L'insegnamento è organizzato come segue:
Attività Crediti Periodo Docenti Orario
Metabolomica laboratorio 2 II sem. Flavia Guzzo

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Proteomica laboratorio 1 II sem. Alessandra Maria Bossi

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Proteomica teoria 3 II sem. Alessandra Maria Bossi

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Obiettivi formativi

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MM: Metabolomica laboratorio
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Attraverso l’esecuzione di un esperimento di metabolomica, gli studenti apprenderanno a valutare la complessità dell’analisi metabolomica e delle sue fasi distinte, dal disegno sperimentale, alla preparazione ed analisi dei campioni (“wet lab”), al processamento ed analisi dei dati (“dry lab”).
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MM: Proteomica laboratorio
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Fornire la basi pratiche per procedere all'analisi proteomica: trattamento del campione, metodi separativi, analisi del risultato.
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MM: Proteomica teoria
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Fornire basi teoriche per affrontare un'analisi proteomica.

Programma

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MM: Metabolomica laboratorio
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-Simulazione di disegno sperimentale su un problema reale attraverso l’utilizzo della trascrittomica e metabolomica: agli studenti, organizzati in gruppi, verrà assegnato un problema sperimentale, risorse virtuali (risorse biologiche, facilities, laboratori attrezzati ed un budget) e verrà loro chiesto di stendere un piano sperimentale. -estrazione di metaboliti vegetali a media e bassa polarità, pulizia dei campioni attraverso Estrazione in fase solida (SPE), visita all’attrezzatura LC-MS; - metabolomica “untargeted” basata su LC-MS: riconoscimento degli ioni molecolari, alberi di frammentazione e identificazione dei metaboliti attraverso il loro valore di M/Z e la loro frammentazione; -processamento dei cromatogrammi e costruzione della matrice di dati; analisi univariata e multivariata dei dati.
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MM: Proteomica laboratorio
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1. Introduzione. 2. La preparazione del campione. 3. Metodiche Gel-Based. 4. Metodiche Gel-Free. 5. Il pre-frazionamento per l’analisi di proteine poco abbondanti. 6. Analisi di proteine/peptidi tramite spettrometria di massa e massa/massa. 7. Analisi degli spettri di massa e ricerca in Banche Dati per l’identificazione delle proteine. 8. Proteomica quantitativa. 9. Applicazioni in ambito agro-alimentare dell’analisi proteomica.
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MM: Proteomica teoria
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1. Introduzione. 2. La preparazione del campione. 3. Metodiche Gel-Based. 4. Metodiche Gel-Free. 5. Il pre-frazionamento per l’analisi di proteine poco abbondanti. 6. Analisi di proteine/peptidi tramite spettrometria di massa e massa/massa. 7. Analisi degli spettri di massa e ricerca in Banche Dati per l’identificazione delle proteine. 8. Proteomica quantitativa. 9. Applicazioni in ambito agro-alimentare dell’analisi proteomica.

Modalità d'esame

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MM: Metabolomica laboratorio
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Dopo presentazione del lavoro di ciascun gruppo davanti a tutti gli studenti del corso e sua discussione critica, ciascuno studente riceverà un voto (da 0 a2) che contribuirà, addizionato al voto del colloquio orale, al voto finale parziale dei moduli di metabolomica.
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MM: Proteomica laboratorio
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Scritto 2 ore.
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MM: Proteomica teoria
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Scritto 2 ore

Testi di riferimento
Attività Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
Proteomica laboratorio Ciborowski P. and Silberring J. Proteomic profiling and analytical chemistry: the crossroads. Elsevier 2013 978-0-444-59378-8
Proteomica teoria Ciborowski P. and Silberring J. Proteomic profiling and analytical chemistry: the crossroads. Elsevier 2013 978-0-444-59378-8

Opinione studenti frequentanti - 2017/2018