Programming for genomics (2016/2017)

Codice insegnamento
4S003671
Docente
Giovanni Malerba
Coordinatore
Giovanni Malerba
crediti
6
Settore disciplinare
MED/03 - GENETICA MEDICA
Lingua di erogazione
Inglese
Periodo
I sem. dal 3-ott-2016 al 31-gen-2017.

Orario lezioni

Obiettivi formativi

The course aims to provide the core skills to manage “big data” in the genomics era.
The course will focus on R programming, basic scripting and data processing.
At the end of the course, the student will know the basics on how to use the main command-line tools for files and strings handling within the context of genomics such as DNA sequence files and pedigree files containing information on individual genotypes.

Programma

Specifically we aim to furnish the knowledge to:
- work into a Linux environment and bash scripting
- use R and its libraries for bioinformatic analyses (Bioconductor project)
- collect and collate genetic data from diverse sources
- arranging directories, renaming and archiving files
- convert files from one format into another
- prepare pipelines of commands for repetitive tasks (for instance, same analyses over more samples)
- learn the fundamentals of Perl and Python programming (hacking pre-existing programs to accomplish novel tasks)

The topics will be illustrated using real-life bioinformatic case studies (for instance, GWAS, exome or transcriptome analyses)

Testi di riferimento
Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
Arnold Robbins, Nelson H. F. Beebe Classic Shell Scripting: Hidden Commands that Unlock the Power of Unix O'Reilly Media 2005 0596005954

Modalità d'esame

L'esame consiste nel verificare la comprensione dei contenuti del corso e la capacità di descrivere con proprietà di linguaggio i vari argomenti.
Le modalità dell'esame sono le stesse sia per gli studenti che hanno frequentato che per quelli che non hanno frequentato il corso.
L'esame consiste in una prova orale che verificherà la conoscenza dei contenuti del corso.
L'esame sarà superato quando lo studente otterrà un punteggio superiore o uguale ai 18/30 .

Opinione studenti frequentanti - 2016/2017