Bioinformatica e banche dati biologiche (2016/2017)

Codice insegnamento
4S02701
Docente
Nicola Vitulo
Coordinatore
Nicola Vitulo
crediti
6
Settore disciplinare
BIO/10 - BIOCHIMICA
Lingua di erogazione
Italiano
Periodo
II sem. dal 1-mar-2017 al 9-giu-2017.

Orario lezioni

II sem.
Giorno Ora Tipo Luogo Note
mercoledì 11.30 - 13.30 lezione Aula D  
mercoledì 14.30 - 16.30 lezione Laboratorio didattico Alfa  

Obiettivi formativi

Il corso si propone di introdurre lo studente alla bioinformatica, fornendo nozioni di base principalmente orientate all’analisi di sequenze sia nucleotidiche che proteiche. Verranno fornite le basi sia teoriche che pratiche dell’uso di algoritmi , programmi e metodi per la ricerca e l’analisi dei dati di sequenza contenuti nelle banche dati biologiche.
A completamento del corso, gli studenti saranno in grado di:

Orientarsi tra le diverse banche dati biologiche e sapere dove reperire le informazioni
Analizzare dati di sequenza mediante ricerche di similarità in banca dati
Confrontare, gestire ed analizzare dati di sequenza utilizzando differenti tipi di programmi per l'allineamento di sequenze

Programma

1. Introduzione alla bioinformatica

2. Banche dati biologiche: banche dati primarie e secondarie, metodi di ricerca in banca dati

3. Matrici di sostituzione PAM e BLOSUM

4. Introduzione all’allineamento tra sequenze: dot matrix, algoritmi basati su programmazione dinamica (Smith-Watermann, Needlman-Wunsch), programmi euristici (BLAST e FASTA)

5. Allineamenti multipli: introduzione ai diversi approcci algoritmici, uso e funzionamento dei programm ClustalW, T-Coffee. Utilizzo degli allineamenti multipli per la generazione di matrici posizionali di peso, uso di PSI-BLAST, metodi basati su Hidden Markov Model (HMM)

6. Introduzione all’analisi filogenetica e alberi filogenetici

7. Biologia strutturale: struttura delle proteine e metodi computazionali per lo studio delle strutture secondarie e terziarie delle proteine.

Modalità d'esame

Scritto con domande aperte relativo agli argomenti trattati nel corso

Opinione studenti frequentanti - 2016/2017