Programming for genomics (2015/2016)

Codice insegnamento
4S003671
Docente
Giovanni Malerba
Coordinatore
Giovanni Malerba
crediti
6
Settore disciplinare
MED/03 - GENETICA MEDICA
Lingua di erogazione
Inglese
Periodo
I semestre dal 1-ott-2015 al 29-gen-2016.

Orario lezioni

I semestre
Giorno Ora Tipo Luogo Note
giovedì 8.30 - 10.30 lezione Aula Auletta della Sezione di Biologia e Genetica  
venerdì 10.30 - 12.30 lezione Aula Auletta della Sezione di Biologia e Genetica  

Obiettivi formativi

The course aims to provide the core skills to manage “big data” in the genomics era.
The course will focus on R programming, basic scripting and data processing.

Programma

Specifically we aim to furnish the knowledge to:
- work into a Linux environment and bash scripting
- use R and its libraries for bioinformatic analyses (Bioconductor project)
- collect and collate genetic data from diverse sources
- arranging directories, renaming and archiving files
- convert files from one format into another
- prepare pipelines of commands for repetitive tasks (for instance, same analyses over more samples)
- learn the fundamentals of Perl and Python programming (hacking pre-existing programs to accomplish novel tasks)

The topics will be illustrated using real-life bioinformatic case studies (for instance, GWAS, exome or transcriptome analyses)

Testi di riferimento
Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
Arnold Robbins, Nelson H. F. Beebe Classic Shell Scripting: Hidden Commands that Unlock the Power of Unix O'Reilly Media 2005 0596005954

Modalità d'esame

Prova orale

Opinione studenti frequentanti - 2015/2016