Algorithms for computational biology (2015/2016)

Codice insegnamento
4S003660
Docente
Zsuzsanna Liptak
Coordinatore
Zsuzsanna Liptak
crediti
6
Settore disciplinare
INF/01 - INFORMATICA
Lingua di erogazione
Inglese
Periodo
I semestre dal 1-ott-2015 al 29-gen-2016.
Pagina Web
http://profs.scienze.univr.it/~liptak/ACB/

Orario lezioni

I semestre
Giorno Ora Tipo Luogo Note
giovedì 10.30 - 12.30 lezione Aula L  
venerdì 13.30 - 16.30 lezione Aula H  
venerdì 16.30 - 17.30 lezione Aula H dal 30-ott-2015  al 29-gen-2016

Obiettivi formativi

1. comprensione di alcuni dei principali problemi e algoritmi alla base della bioinformatica (allineamento di sequenze, confronto di sequenze, filogenetica); 2. comprensione delle principali problematiche legate alla computazione (spezificazione del problema, efficienza degli algoritmi, limitazioni).

Programma

ANALISI DI ALGORITMI

Introduzione all'analisi di algoritmi, analisi di tempo e spazzio; notazione per l'analisi di complessita' (O-notation), crescita di funzioni; formalismo su stringhe; combinatorica di base su stringhe;

ALLINEAMENTO DI SEQUENZE

applicazioni; allineamento di coppie di sequenze; ricerca esaustiva; programmazione dinamica (DP): algoritmo di Needleman-Wunsch (allineamento globale); algoritmo di Smith-Waterman (allineamento locale); altre varianti di questi algoritmi; allineamento multiplo: algoritmo DP ed euristiche; matrici scoring: PAM (generazione, applicazioni); euristiche per l'allineamento di sequenze e ricerca in basi di dati (BLAST); distanza e similarita', edit distance;


FILOGENETICA

introduzione a grafi ed alberi; numero di alberi filogenetici; dati basati su distanza: algoritmo UPGMA; dati basati su caratteri: Perfect Phylogeny (PP); Small Parsimony: algoritmo di Fitch; Large Parsimony: euristiche.

Modalità d'esame

esame scritto ed esame orale.

Opinione studenti frequentanti - 2015/2016


Statistiche per i requisiti di trasparenza (Attuazione Art. 2 del D.M. 31/10/2007, n. 544)

Statistiche esiti
Esiti Esami Esiti Percentuali Media voti Deviazione Standard
Positivi 40.90% 26 2
Respinti 9.09%
Assenti --
Ritirati 50.0%
Annullati --
Distribuzione degli esiti positivi
18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 30 e Lode
0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 11.1% 33.3% 0.0% 22.2% 0.0% 0.0% 22.2% 11.1% 0.0%

Valori relativi all'AA 2015/2016 calcolati su un totale di 22 iscritti. I valori in percentuale sono arrotondati al numero intero più vicino.