Metodi analitici molecolari (2011/2012)

Codice insegnamento
4S02774
Crediti
12
Coordinatore
Daniela Cecconi
L'insegnamento è organizzato come segue:
Modulo Crediti Settore disciplinare Periodo Docenti
PROTEOMICA 4 CHIM/01-CHIMICA ANALITICA non ancora assegnato Daniela Cecconi
TRASCRITTOMICA 4 CHIM/01-CHIMICA ANALITICA Vedi pagina del modulo Vedi pagina del modulo
METABOLOMICA 4 CHIM/01-CHIMICA ANALITICA Vedi pagina del modulo Vedi pagina del modulo

Obiettivi formativi

Modulo: TRASCRITTOMICA
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Il corso vuole presentare alcune delle metodologie analitiche avanzate oggi utilizzate per l’analisi del genoma, la caratterizzazione della funzione dei geni e l’analisi del trascrittoma. Il corso ha lo scopo di fornire sia una conoscenza teorica di tali tecnologie che una competenza pratica.


Modulo: METABOLOMICA
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Il corso intende presentare una descrizione attuale del metaboloma, dei più avanzati metodi analitici di indagine e degli strumenti statistici per l’analisi multivariata dei dati. Gli approcci descritti permettono di affrontare lo studio di dinamiche biologiche e prodotti alimentari.


Modulo: PROTEOMICA
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Programma

Modulo: TRASCRITTOMICA
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Programma:
TEORIA:
GENOMICA:
-TECNOLOGIA GATEWAY: il sistema di ricombinazione del fago lambda ed introduzione alla tecnologia gateway, reazioni BP ed LR, sistema di selezione basato su gene ccdB, come ottenere un ENTRY clone, TOPO cloning, vettori di destinazione gateway compatibili.
-MUTAGENESI: mutazioni, utilizzo della mutagenesi in genetica diretta ed inversa, mutagenesi random (chimica e basata su PCR), mutagenesi sito diretta (basata su PCR o no), Quickchange, DNA shuffling.
TRASCRITTOMICA:
-RT-PCR E REAL TIME RT-PCR: metodiche per l’analisi dell’espressione genica di singoli geni e su vasta scala, RT-PCR, Real Time RT-PCR, quantificazione assoluta e relativa (esempio di analisi dei dati: metodo delta delta Ct), SYBR green per real time RT-PCR, sonde TaqMan, LUX, Molecolar Beacons e Scorpions
-MICROARRAY: cDNA microarray e loro produzione, oligoarray e loro produzione, marcatura diretta ed indiretta dei campioni, disegno sperimentale e controlli per analisi microarray, ibridazione, acquisizione dell’immagine e cenni generali su analisi dei dati

LABORATORIO:

Clonaggio di un gene mediante la tecnologia Gateway e trasferimento del gene in un vettore di destinazione
Analisi di espressione mediante Real Time RT-PCR
Analisi trascrittomica mediante microarray


Modulo: METABOLOMICA
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TEORIA:

INTRODUZIONE Metaboliti, metabolomica, scienze ‘omiche’, obiettivi, approcci sperimentali, cenni metodi cromatografici, spettrometria di massa, preparazione campioni

BASI TEORICHE SPETTROSCOPIA NMR spin, nuclei attivi, interazione spin/campo magnetico, transizioni, precessione, magnetizzazione, impulso, trasformata di Fourier, rilassamento

CHEMICAL SHIFT E ACCOPPIAMENTO SCALARE scala di riferimento, effetti di schermo, campi magnetici indotti, contributi diamagnetici, contributi anisotropici, sistemi di spin, accoppiamenti scalari forti

SPETTROSCOPIA NMR MULTIDIMENSIONALE E OPERAZIONI SPERIMENTALI DI ESECUZIONE basi di spettroscopia bidimensionale, correlazioni eteronucleari, scalari, spettri J-resolved, effetti della temperatura e del pH, soppressione del solvente

ANALISI STATISTICA MULTIVARIATA metodi supervised e unsupervised, PCA, PLS, SIMCA


LABORATORIO:

ANALISI SPETTRI Esercizi di analisi di spettri 1D protonici

ESPERIMENTI Preparazione campioni (p.es. succhi frutta), shimming, calibrazione impulsi, soppressione solvente, receiver gain, numero scansioni, parametri acquisizione, parametri processing

ANALISI STATISTICA MULTIVARIATA Uso di software per la visualizzazione di spettri e analisi PCA


Modulo: PROTEOMICA
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Modalità d'esame

Modulo: TRASCRITTOMICA
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Modalita d'esame
Vedi pagina del corso integrato


Modulo: METABOLOMICA
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Modalita d'esame
Vedi pagina del corso integrato


Modulo: PROTEOMICA
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