Biologia molecolare (2011/2012)



Codice insegnamento
4S00800
Crediti
12
Coordinatore
Massimiliano Perduca
Settore disciplinare
BIO/11 - BIOLOGIA MOLECOLARE
Lingua di erogazione
Italiano
L'insegnamento è organizzato come segue:
Attività Crediti Periodo Docenti Orario
Teoria 9 II semestre Massimiliano Perduca
Laboratorio [1° turno] 3 II semestre Barbara Molesini
Laboratorio [2° turno] 3 II semestre Barbara Molesini
Laboratorio [3° turno] 3 II semestre Barbara Molesini
Laboratorio [4° turno] 3 II semestre Barbara Molesini

Orario lezioni

II semestre
Attività Giorno Ora Tipo Luogo Note
Teoria lunedì 10.30 - 12.30 lezione Aula F  
Teoria martedì 10.30 - 12.30 lezione Aula F  
Teoria giovedì 9.30 - 11.30 lezione Aula F  
Laboratorio [1° turno] martedì 13.30 - 19.30 lezione Laboratorio didattico Laboratorio di Biotecnologie genetiche dal 20-mar-2012  al 15-giu-2012
Laboratorio [2° turno] mercoledì 8.30 - 12.30 lezione Laboratorio didattico Laboratorio di Biotecnologie genetiche dal 20-mar-2012  al 15-giu-2012
Laboratorio [3° turno] venerdì 13.30 - 19.30 lezione Laboratorio didattico Laboratorio di Biotecnologie genetiche dal 20-mar-2012  al 15-giu-2012

Obiettivi formativi

Fornire agli studenti le conoscenze di base dei meccanismi molecolari inerenti la trasmissione, la variazione e l’espressione dell’informazione genetica.

Programma

Teoria:
-> L’informazione genetica e le molecole informazionali
Introduzione generale e cenni storici. La struttura chimica del DNA e dell’RNA. La struttura fisica del DNA. Proprietà chimico-fisiche del DNA.
->Tecniche di Biologia Molecolare
Elettroforesi in gel di agarosio. L’ibridazione. La reazione a catena della polimerasi (PCR). Le endonucleasi di restrizione. Il clonaggio e il sub-clonaggio. Sistemi per l’espressione genica.
-> DNA, RNA e struttura dei geni
La definizione di gene. Regioni codificanti e regolative. Dai geni alle proteine; RNA messaggero, RNA transfer e RNA ribosomiale.
-> Organizzazione ed evoluzione dei genomi
Contenuto di DNA e numero di geni. Mutazioni, riarrangiamenti del DNA ed evoluzione dei genomi. I genomi degli organelli. I geni interrotti; gli introni. Il cDNA. Famiglie geniche e duplicazione. DNA ripetitivo.
-> Elementi trasponibili
Meccansimi di trasposizione e controllo della trasposizione. Retrovirus e retrotrasposoni. Trasposoni.
-> Cromatina e cromosomi
I nucleosomi; istoni e loro modificazioni. Livelli superiori di organizzazione della cromatina. Eterocromatina ed eucromatina. I cromosomi eucariotici, i telomeri e i centromeri.
-> Replicazione del DNA
Le DNA polimerasi. Attività di proofreading delle DNA polimerasi. Il meccanismo di replicazione nei batteri e negli eucarioti.
-> Introni e RNA splicing
Caratteristiche degli introni spliceosomali. Lo spliceosoma e il meccanismo di splicing. Splicing alternativo e trans-splicing. Altri tipi di introni: introni del gruppo I e II e gli introni dei tRNA. Movimento degli introni. RNA editing. Ribozimi e riboswitch.
-> Mutazione e riparazione del DNA
Mutazioni spontanee e mutazioni causate da agenti mutageni fisici e chimici. Sistemi di riparazione pre-replicativi e post-replicativi. Ricombinazione nelle cellule del sistema immunitario. Cenni sulla ricombinazione omologa.
-> Regolazione dell’espressione genica 1
Promotori batterici. L’operone. Attivatori, repressori, coattivatori. Trasduzione di segnali e sistemi di regolazione a due componenti. Promotori eucariotici. Attivatori, repressori, coattivatori. Espressione genica e modificazioni della cromatina. Meccanismi epigenetici.
-> Gli RNA e la trascrizione
I diversi tipi di RNA: sintesi e maturazione. RNA polimerasi batterica. I fattori sigma. Le RNA polimerasi eucariotiche. mRNA eucariotici: capping, poliadenilazione , trasporto nel citoplasma. Il processo di trascrizione nei batteri e negli eucarioti.
-> Traduzione
I ribosomi. Struttura e funzione del tRNA. Sintesi degli aminoacil-tRNA. Inizio della traduzione nei batteri e negli eucarioti. Sintesi della catena polipeptidica e terminazione della traduzione. Regolazione della traduzione.
-> Localizzazione delle proteine.

Un credito del corso teorico (corrispondente a 8 ore di lezione in aula) sarà riservato alla discussione da parte degli studenti di argomenti di rilevante interesse o ritenuti di frontiera nell’ambito dell’insegnamento.

Teoria Connessa al Laboratorio Didattico:
-> Isolamento di acidi nucleici: concetti base, comparazione di metodi di estrazione, problematiche inerenti all’estrazione.
-> Elettroforesi di acidi nucleici su gel di agarosio e poliacrilammide, gel denaturanti e non denaturanti, elettroforesi pulsata.
-> Quantificazione spettrofotometrica degli acidi nucleici.
-> PCR
1. Definizione.
2. Miscela di reazione: efficienza, specificità, fedeltà.
3. Ciclo di PCR. Numero finale di molecole target.
4. Amplificazione del prodotto corretto: visualizzazione e analisi dei prodotti di PCR, come evitare le contaminazioni (Uracil N-glycosylase; UV; trattamento enzimatico), hot start, nested PCR.
5. Tecniche e applicazioni: 5’RACE-PCR e 3’RACE-PCR, RT-PCR, PCR mutagenesi (delezione di sequenze, sostituzione di basi, inserzione di sequenze), modificazione di prodotti di PCR (aggiunta di promotori, ribosome-binding site, siti di restrizione), unione di prodotti di PCR sovrapposti “overlapping”, PCR quantitativa.

Esperienze Pratiche:
Estrazione di RNA totale da diverse matrici vegetali mediante metodo del fenolo acido e mediante colonnine di adsorbimento, trattamento con DNase, valutazione qualitativa e quantitativa dell’RNA isolato mediante elettroforesi microcapillare su chip, sintesi di cDNA singolo filamento, RT-PCR semiquantitativa e Real-Time PCR Quantitativa (mediante l’impiego della molecola fluorescente SYBR green).

Modalità d'esame

Esame orale preceduto da uno scritto propedeutico riguardante la parte di Laboratorio.

Testi di riferimento
Attività Autore Titolo Casa editrice Anno ISBN Note
Teoria Jocelyn E. Krebs, Elliott S. Goldstein, Stephen T. Kilpatrick Lewin's Genes X (Edizione 10) Jones & Bartlett Publishers 2009 0763766321
Teoria Harvey Lodish, Chris A. Kaiser, Anthony Bretscher, Angelika Amon, Arnold Berk, Monty Krieger, Hidde Ploegh and Matthew P. Scott Molecular Cell Biology (Edizione 7) Freeman 2012 1464102325
Teoria Alberts et al. The Cell (Edizione 5) Garland Science 2007 978-0-8153-4105-5
Teoria Geoffrey M. Cooper, Robert E. Hausman The cell: a molecular approach (Edizione 6) Sinauer Associates, Inc 2013 978-1-60535-155-1
Materiale didattico
Titolo Formato (Lingua, Dimensione, Data pubblicazione)
10 CPEB2–eEF2 interaction impedes HIF-1α RNA translation  pdfpdf (en, 2156 KB, 08/03/12)
11 Identification of a Minimal Region of the HIV-1 5-Leader Required for RNA Dimerization NC Binding and Packaging  pdfpdf (en, 1109 KB, 08/03/12)
1 Structural characterization of full-length NSF and 20S particles  pdfpdf (en, 3013 KB, 08/03/12)
2 Akt-dependent Skp2 mRNA translation is required for exiting contact inhibition oncogenesis and adipogenesis  pdfpdf (en, 2034 KB, 08/03/12)
3 The Structural Basis of the Kinetic Mechanism of a Gap-Filling X-Family DNA Polymerase That Binds Mg2 dNTP Before Binding to DNA  pdfpdf (en, 2949 KB, 08/03/12)
4 Structure and mechanism of the UvrA–UvrB DNA damage sensor  pdfpdf (en, 1932 KB, 08/03/12)
5 Mechanism of RNA synthesis initiation by the vesicular stomatitis virus polymerase  pdfpdf (en, 806 KB, 08/03/12)
6 Micrococcal Nuclease Does Not Substantially Bias Nucleosome Mapping  pdfpdf (en, 1558 KB, 08/03/12)
7 DNAPKcs-dependent arrest of RNA polymerase II transcription in the presence of DNA breaks  pdfpdf (en, 1276 KB, 08/03/12)
8 dNTP pools determine fork progression and origin usage under replication stress  pdfpdf (en, 1912 KB, 08/03/12)
9 Time-Dependent Predominance of Nonhomologous DNA End-Joining Pathways during Embryonic Development in Mice  pdfpdf (en, 3109 KB, 08/03/12)
Gruppi Esposizione Articolo Biotecnologie 2011-1202  pdfpdf (it, 22 KB, 19/03/12)