Laboratorio di Bioinformatica strutturale e genomica (2008/2009)

Corso a esaurimento

Codice insegnamento
4S00999
Docente
Alejandro Giorgetti
crediti
4
Settore disciplinare
BIO/10 - BIOCHIMICA
Lingua di erogazione
Italiano
Sede
VERONA
Periodo
1° Sem dal 1-ott-2008 al 6-feb-2009.

Orario lezioni

Obiettivi formativi

Il laboratorio mira a fornire agli studenti gli strumenti e i metodi necessari per accedere all'informazione biologica in modo razionale ed efficiente, utilizzando le risorse disponibili in rete e programmi d'ultima generazione

Programma

Principali database utilizzati nell'ambito della bioinformatica strutturale e genomica.
Metodiche di allineamento di sequenze.
L’evoluzione delle proteine. Costruzione di alberi filogenetici. Ricerca in banche dati per similarità. Significatività dell’allineamento. Riconoscimento di omologia. I programmi FASTA, BLAST e PSI-BLAST. Modelli nascosti di Markov.

Predizione della struttura tridimensionale di una proteina: Modelling comparativo. Relazione quantitativa per la conservazione della struttura primaria e terziaria in proteine omologhe. Il core proteico e le regioni strutturalmente divergenti (SDR). Passaggi per la costruzione di un modello comparativo. Utilizzo di server semi-automatici per lapredizione di struttura.

Controllo della qualità di una struttura proteica e di un modello. Metodi statistici basati su parametri geometrici e di impacchettamento proteico. Applicazione al controllo di un modello proteico.

Predizione della struttura tridimensionale di una proteina: Fold recognition. Metodi basati sui profili, metodi di threading.

Predizione della struttura tridimensionale di una proteina: Ab initio:concetti generali
Genomica:
La banca dati ENSEMBL e il suo utilizzo nell'estrazione di informazioni e dati genomici.
BIOMART come tool per l'estrazione di dati geonomici.

Modalità d'esame

Scritto.

Materiale didattico

Documenti

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